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我正在研究催化剂来设计数据库的前端。我是 perl 和催化剂的新手。我在控制器中遇到了一个错误。

我想从一个表中获取基因名称并将每个基因名称传递给将执行某些功能的子程序gene_name（调用子程序gene_name）。我知道如何获取带有基因名称的列，但它们是以哈希引用的形式对其他表进行的。我对gene_name 的调用不起作用。

知道如何将值传递给子程序而不是引用吗？我的代码如下：

my @gene_list = $c->model('Gene::GeneTable')->search({      
},{
                column =>[qw/symbol/],
}
);
foreach my $gene (@gene_list){
push @gene_aliases, &gene_name($gene);
}

执行代码后我得到的错误如下：

DBIx::Class::ResultSet::find(): Can't bind a reference (MyApp::Model::Gene::GeneTable=HASH(0x7ff6d88b7c58))

更新

我的gene_name() 子程序位于控制器中包含的另一个模块中。现在我已经改变了for循环（在控制器中）如下，目前它正在将基因名称传递给gene_name（）以获取别名（但查询保持不变）：

foreach my $gene (@gene_list){
push @gene_aliases, &gene_name($gene-> symbol);
}

我正在访问我的视图文件中的@gene_aliases，如下所示：

[% FOREACH g in gene_aliases -%]
[% g %]
[% END -%]

上面的代码是在页面中获取哈希引用而不是名称。我无法在网页上显示基因名称。如果我在 for 循环中给出 [% g.symbol %] 则页面将为空且没有错误消息。希望这将是回答我的问题的足够信息。如果不是，我会详细说明。

我的 SQL 查询如下：

Select Symbol from GeneTable;

提前致谢

更新2

由于我不是全职程序员，所以我在博客上提出这些问题。请帮助我解决我的问题。如果我有从用户获取基因名称的搜索表单，并且该基因名称必须传递给gene_name（）子例程，我该如何传递它（到控制器以及如何调用gene_name（））。请帮助我解决这个问题。我在 view.tt 中的表格如下：

<form method="post" action "[% c.uri_for('/gene')%]">
<input type="text" name="search_alias">
<input type="submit" name="alias_search" value="Search">
</form>

我所有的别名都在另一个名为 Alias 的表中，该表在gene_name() 子例程中使用。

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该gene_name()函数需要期望传递给它的 GeneTable 对象，或者您可以这样调用它gene_name($gene->symbol)：

话虽如此，根据您提供的有限信息，Controller 看起来并不合适。

将gene_name 作为其自身的方法会更有意义Gene::GeneTable，即：

package GeneTable;

...

sub gene_name {
    my $self = shift;
    my $gene_name = ... # do something with $self->symbol
    $gene_name
}

...

这样该->gene_name方法可用于任何上下文中的任何 GeneTable 对象。

在 OP 最初的两条评论之后更新

听起来gene_name()（可能应该被称为gene_aliases()）是 Gene 对象的一种方法。将这样的转换放入 Controller 并不符合良好的 MVC 理念。

大概你在某处有模型代码 - MyApp/Model/Gene/ 很可能 - 这个子应该存在于Gene/GeneTable.pm. 然后你可以这样使用它：

[%- FOREACH g IN gene_list -%]
    [% g.symbol %]<br/><ul>
    [%- FOREACH gn IN g.gene_name -%]
    <li>[% gn %]</li>
    [%- END -%]
    </ul>
[%- END -%]

在您的模板中，以及您拥有 GeneTable 对象或其集合的任何其他地方。

更新#2 更新后的问题

DBIx:Class像您一样在列表上下文中调用时将返回一个对象数组。也许您需要添加一些Data::Dumper->Dumper()调用来处理每个步骤返回给您的内容。

我建议您在致电后立即添加以下行->search()：

$c->log->debug("gene_list contains: ", Data::Dumper->Dumper(\@gene_list));

...在您填充之后，可能还有对 @gene_aliases 的等效调试。

这可能会让您更清楚地了解您从搜索中得到的结果，但我会冒险猜测您正在获取Gene::GeneTable对象。

于 2012-08-28T07:55:04.967 回答