perl - Perl- 从 txt 文件中提取每一行并存储到不同的变量中

Question

我使用 perl 脚本读取了一个 txt 文件，但我想知道如何使用模式匹配将 txt 文件中的每一行存储到 perl 脚本中的不同变量中。我可以使用 ~^>gi 匹配一行，但它使用 >gi 显示 txt 文件中的两行（即第 1 行和第 3 行），我还想将两个单独的 DNA 序列读入不同的变量。考虑下面我的例子。

文件.txt

 >gi102939
 GATCTATC
 >gi123453
 CATCGACA

perl 脚本：

#!/usr/local/bin/perl

open (MYFILE, 'file.txt');

@array = <MYFILE>;
($first, $second, $third, $fourth, $fifth) = @array;
chomp $first, $second, $third, $fourth, $fifth;
print "Contents:\n @array";

 if (@array =~ /^>gi/) 
 {  
   print "$first";
 }

close (MYFILE);

Answer 1

假设>gi..在输入中是唯一的，填充一个散列，其中每个键与一个序列相关联：

#!/usr/bin/perl    
use warnings;
use strict;
my %hash;
my $last;
while (<DATA>) {
  chomp;
  if (/^>gi/) {
    $last = $_; 
  } else {
    $hash{$last} = $_; 
  }
}
foreach my $k (keys %hash) {
  print "$k => $hash{$k}\n";
}
__DATA__

>gi102939
GATCTATC
>gi123453
CATCGACA

Answer 2

请始终 use strict在程序的顶部，并在第一次use warnings使用时声明您的变量my。当您寻求帮助时，这尤其适用，因为这样做经常会发现可能被忽略的简单问题。

就目前而言，您的程序会将文件读入@array并打印出来。该测试if (@array =~ /^>gi/) { ... }将在数组上强制标量上下文，因此将数组中的元素数量（大概是5）与正则表达式模式进行比较并失败。

你到底想达到什么目的？将文件读入数组会将每一行放入不同的标量变量中 - 变量是数组的元素

Answer 3

这个单行代码读取数据库并提取一个元素：

perl < file.txt -e '@array=<>;chomp @array;%hash=@array;print $hash{">gi102939"}'

结果：

GATCTATC