python - 如何使用 pycogent 在 python 2.7 中创建祖先序列？

Question

我正在研究一个生物信息学项目，并尝试在 python 2.7 中运行一个名为 pycogent 的模块。我的目标是从一个由对齐的 16s Fastq 序列组成的文件中创建一个祖先序列。

我的python代码如下：

from cogent import LoadSeqs
aln = LoadSeqs('FullStrep.fasta')
lf.setAlignment(aln)
lf.optimise(show_progress=False, local=True)
ancestors = lf.likelyAncestralSeqs()
print ancestors

但是，我收到以下错误消息。

Traceback (most recent call last):
  File "/Users/paulfryling/Desktop/Mypythonproj/pycogentancestor", line 1, in <module>
    from cogent import LoadSeqs
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/cogent/__init__.py", line 5, in <module>
    import numpy
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/__init__.py", line 137, in <module>
    import add_newdocs
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/add_newdocs.py", line 9, in <module>
    from numpy.lib import add_newdoc
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/lib/__init__.py", line 4, in <module>
    from type_check import *
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/lib/type_check.py", line 8, in <module>
    import numpy.core.numeric as _nx
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/__init__.py", line 5, in <module>
    import multiarray
ImportError: dlopen(/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/multiarray.so, 2): no suitable image found.  Did find:
    /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/multiarray.so: no matching architecture in universal wrapper
>>>

任何帮助或指导将不胜感激。

此致，

保罗

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你遇到的问题是你没有 PyCogent 的一些依赖项，而且它有不少，但如果你有以下三个，你将能够使用几乎所有东西。

您需要安装的第一件事是 Python**，因为您在 Mac OS X 中选择您正在使用的当前操作系统版本：

接下来你需要的是 NumPy，你可以从这里类似地下载它：

接下来你需要安装 Matplotlib：

一旦你拥有了所有这些，你将需要安装 PyCogent 库，这样做：

下载此文件并将其解压缩到您的计算机中。
从终端转到下载此文件的文件夹，然后在 PyCogent 文件夹中运行以下命令：

python setup.py build
sudo python setup.py install

这应该就是全部了。

如果需要，您可以安装可选 installs。

** 虽然您的计算机中可能安装了一个 Python，但最好确保您拥有来自 Python.org 的 Python，因为它还与 Matplotlib 兼容，这是 PyCogent 的另一个依赖项。

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