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我正在尝试编写一个函数，该函数将使用一个奇特的距离估计（dcorr布朗距离）创建一个相关矩阵。更一般地说，我想为一个通用的“相关”矩阵编写代码，您可以在其中插入任何距离估计器。

我的数据被格式化，使得列是变量，行是观察。

我的基本代码有问题。我的算法如下：

  • 使用 apply 获取变量
  • 传递给将再次应用于整个矩阵的函数
  • 此时你应该有两对变量
  • 用于na.omit删除缺失的观测值（dcorr 所必需的）
  • 计算 dcorr

我希望这会产生相关矩阵，但我在基本变量管理方面遇到了很多问题。我很难将变量传递给应用函数。特别是，我想传递在第一个应用中拉出的列并将其传递给第二个应用（即应用于整个原始矩阵）

我的代码：

dcormatrix <- function(Matrix){
  dcorhelper <- function (Col1){
    as.matrix(apply(Matrix,2,function(Col2){
      B <- na.omit(cbind(Col1,Col2))
      dcor(B[,1],B[,2],index=1)
    },Col1=Col1))
  }
 apply(Matrix,2,dcorhelper(),Matrix=Matrix)
}

有任何想法吗？我相信一定有一个简单的方法来做到这一点。

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您可能想designdist从vegan包裹中签出。它允许定义交替的距离/相异矩阵。见这里。

于 2012-08-22T08:58:08.383 回答