有谁知道将单核苷酸多态性 (SNP) ID 从 rs# 转换为 SNP_A-# 的方法？我有两个 SNP，rs429358 和 rs4420638，需要确定这些 SNP 是否包含在不同的数据集中。数据集使用 SNP_A-xxxxx 符号作为 SNP ID。任何帮助将不胜感激！
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你应该问biostar： http: //www.biostars.org/show/questions/
SNP_A### 不是官方命名法。它从何而来 ？
比较您的 ID 的唯一方法是比较染色体/位置/等位基因参考/等位基因替代。
于 2012-08-20T23:09:50.307 回答
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SNP_A### 标识符很可能是 Affymetrix SNP id。您需要知道它们来自哪个阵列，但它可能是人类全基因组 SNP 6.0。
您可以从 Affymetrix 网站下载注释数据，该网站将提供 rs# 到 affyid# 的映射。尝试从：http ://www.affymetrix.com/support/mas/index.affx#1_1
为 Genomewide SNP 6.0 阵列产品选择“软件和数据”下的“注释文件”。
一个问题是阵列上的一些探针集是多余的 - 对于一个小子集，您将有多个 affyid# 映射到一个 rsid#
于 2012-08-21T13:38:25.267 回答
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SNP_A* 标识符是 Affymetrix SNP ID。我也必须做类似的事情，但规模要大得多......从这里使用 Affymetrix 注释文件“Genomewide SNP 6.0”并没有像我想要的那样映射：http://www.affymetrix。 com/support/mas/index.affx#1_1
我所做的是使用 Biopython（我是在 Python3 中完成的）。首先，您必须通过 pip安装biopython 。
完成此操作后，您可以使用 Entrez 库来使用 esearch() 方法。这是一些示例代码：
from Bio import Entrez
Entrez.email = '<email address>'
handle = Entrez.esearch(db='snp', retmax='1', sort='SNP_ID', term='<affymetrix id>')
results = Entrez.read(handle)
rsNumber = 'rs'+results['IdList'][0]
这应该为您提供来自 affymetrix id 的正确 rs 编号。
于 2015-03-16T19:07:22.533 回答