我有一个从 EBI 宏基因组下载的项目数据库。这些是包含序列读取的 fasta 文件，并且已经过基本处理（重复屏蔽、长度截断 - 100 等）我想从这里提取 16 秒读取的序列。有人会知道执行此功能的好工具吗？谢谢您的帮助！
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我们（EBI 宏基因组学）将很快发布一项新功能，因此如果您可以等待，将会有一个选项来下载与 16S 基因模型匹配的序列。我们还打算提供基于这些序列的分类树。16S 读数的选择将使用 rRNASelector 完成，这是一个开源软件工具，您可以在 Internet 上找到。希望对 EBI 宏基因组学有所帮助并密切关注（https://www.ebi.ac.uk/metagenomics）。谢谢。
于 2012-08-23T13:37:32.340 回答
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您可以使用我们称为 C16S 的工具（由 Biosciences R&D, TCS Innovation Labs 开发）。
C16S：一种 16S rDNA 分类算法，使用特定属的隐马尔可夫模型 (HMM) 对 16S rDNA 序列进行分类。为了达到高水平的准确度，C16S 分类器结合了一系列步骤，这些步骤试图通过考虑 HMM 比对的质量来细化 16S rDNA 片段的最终分配。
链接： http: //metagenomics.atc.tcs.com/C16S/
于 2013-01-05T08:46:53.480 回答