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我有一个看起来像这样的数据框：

  inten      new.probes
  12.28280      AFFX-r2-P1-cre-5_at
  12.35039      AFFX-r2-P1-cre-5_at
  12.38397      AFFX-r2-P1-cre-5_at
  12.36304      AFFX-r2-P1-cre-5_at
  12.16271      AFFX-r2-P1-cre-5_at
  12.70304      AFFX-r2-P1-cre-3_at
  12.28280      AFFX-r2-P1-cre-3_at
  12.35039      AFFX-r2-P1-cre-3_at
  12.38397      AFFX-r2-P1-cre-3_at
  12.36304      AFFX-r2-P1-cre-3_at
  12.16271      AFFX-r2-P1-cre-2_at
  12.70304      AFFX-r2-P1-cre-2_at 
  12.16271      AFFX-r2-P1-cre-2_at
  12.70304      AFFX-r2-P1-cre-2_at

（上面的形式为两个单独的列，其中探针名称为一列，信号强度值为另一列）我希望数据帧按以下方式转换：

AFFX-r2-P1-cre-5_at 12.28280 12.35039  12.38397  12.36304   12.16271 
AFFX-r2-P1-cre-3_at 12.28280 12.35039  12.38397  12.36304   12.16271 
AFFX-r2-P1-cre-2_at 12.38304 12.36304  12.38397  12.16271   12.70304

欢迎任何建议。这是一个很大的数据集，我只提供了一小部分以寻求帮助。

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如果 value of 的元素数量相同new.probes，则可以使用：

do.call(rbind, unstack(dat))
                        [,1]     [,2]     [,3]     [,4]     [,5]
AFFX-r2-P1-cre-2_at 12.16271 12.70304 12.16271 12.70304 12.16271
AFFX-r2-P1-cre-3_at 12.70304 12.28280 12.35039 12.38397 12.36304
AFFX-r2-P1-cre-5_at 12.28280 12.35039 12.38397 12.36304 12.16271
Warning message:
In function (..., deparse.level = 1)  :
  number of columns of result is not a multiple of vector length (arg 1)

但这显然是错误的 - 您需要用 填充较短的向量NA：

x <- unstack(dat)
m <- max(sapply(x, length))
do.call(rbind, lapply(x, function(x)c(x, rep(NA, m-length(x)))))

                        [,1]     [,2]     [,3]     [,4]     [,5]
AFFX-r2-P1-cre-2_at 12.16271 12.70304 12.16271 12.70304       NA
AFFX-r2-P1-cre-3_at 12.70304 12.28280 12.35039 12.38397 12.36304
AFFX-r2-P1-cre-5_at 12.28280 12.35039 12.38397 12.36304 12.16271
于 2012-08-13T13:48:57.223 回答
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这就是我解决这个问题的方法：

  1. 确保new.probes变量已排序。
  2. 使用sequence()andrle()为每个new.probes.
  3. 用于reshape()转换数据。

这是您的示例数据的一个工作示例（假设它被命名为“DF”）。

DF = DF[order(DF$new.probes), ]
DF$time = sequence(rle(as.vector(DF$new.probes))$lengths)
reshape(DF, direction = "wide", idvar = "new.probes", timevar = "time")
#             new.probes  inten.1  inten.2  inten.3  inten.4  inten.5
# 11 AFFX-r2-P1-cre-2_at 12.16271 12.70304 12.16271 12.70304       NA
# 6  AFFX-r2-P1-cre-3_at 12.70304 12.28280 12.35039 12.38397 12.36304
# 1  AFFX-r2-P1-cre-5_at 12.28280 12.35039 12.38397 12.36304 12.16271

或者，如果您更喜欢reshape2base R's中的语法reshape，请将步骤 3 替换为：

require(reshape2)
dcast(DF, new.probes ~ time, value.var = "inten")
于 2012-08-13T17:00:19.823 回答