r - 抖动点时避免重叠

Question

在阅读科学论文时，我经常会遇到点在没有相互重叠的情况下抖动的情节。我怀疑它们中的许多是用一个名为GraphPad Prism的程序绘制的，但肯定有一种方法可以在 R 中做同样的事情。虽然它并不完美（如下面的红点）我认为它看起来比随机抖动要好得多.

如果有人知道如何做到这一点，最好使用一些基本功能，我会很高兴知道。

Answer 1

这是一个使用 ggplot2 的解决方案geom_dotplot()：

library(ggplot2)
set.seed(1234)

dat = data.frame(y=c(rpois(20, 4), rpois(20, 1), runif(20, 0, 20)), 
                category=rep(c("group_1", "group_2", "group_3"), c(20, 20, 20)))

dotplot_1 = ggplot(dat, aes(x=category, y=y)) + 
            geom_dotplot(aes(fill=category), binaxis="y", 
                         stackdir="center", binwidth=0.8) +
            stat_summary(fun.y=median, fun.ymin=median, fun.ymax=median, 
                         geom="crossbar", width=0.7)

ggsave("dotplot_1.png", dotplot_1, width=6, height=4)