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我正在使用 fpocket 在我的 PDB 蛋白质结构中找到口袋。输出是一个有序的 pockets 列表pocket0_atm.pdb，pocket1_atm.pdb等等。一些文件被顺利读入Bio.PDB.PDBParser。其他人因“AssertionError”而失败。

尝试将有效的 .pdb 文件与失败的文件进行比较并没有显示出一致的差异。有任何想法吗？

这是给我带来麻烦的相关代码部分：

def get_pdb_limits(pdb_file):
    ''' Return the X,Y,Z size limits of a PDB file. '''
    p = PDB.PDBParser()
    structure = p.get_structure('test', pdb_file)
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根据fpocket 文档，pocketx_atm.pdb 文件仅包含与用于提取口袋的球体接触的原子。换句话说，口袋文件不包含完整的残留物，这可能是解析问题的根源。

于 2013-05-17T11:34:07.443 回答
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如果没有堆栈跟踪，就不可能真正知道您的问题是什么。但是，PDB.PDBParser它是为了容忍和补偿 PDB 文件中的一些错误而构建的。尝试设置PERMISSIVE为 True，如下所示，看看是否仍然出现错误。

p = PDB.PDBParser(PERMISSIVE=1)
p.get_structure("pdb_id", pdb_file)
于 2012-08-11T12:51:45.067 回答