我有两组文件。一个文件给出了基因名称列表（每行一个基因）。第二个文件有一个基因对列表（例如，=> '1,2' 和一个基因对 perl 行）。基因名称是数字的。我想列出除已知基因对之外的所有可能的基因组合。
我的输出应该是：
3,4
4,5
6,7
...
...
但是，我得到这样的东西=>
,4
,5
,7
所有第一个元素都不会打印。我不确定代码到底有什么问题。任何人都可以帮忙吗？
我的代码：
#! usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
if (@ARGV !=2) {
die "Usage: generate_random_pairs.pl <entrez_genes> <known_interactions>\n";
}
my ($e_file, $k_file) = @ARGV;
open (IN, $e_file) or die "Error!! Cannot open $e_file\n";
open (IN2, $k_file) or die "Error!! Cannot open $k_file\n";
my @e_file = <IN>; chomp (@e_file);
my @k_file = <IN2>; chomp (@k_file);
my (%known_interactions, %random_interactions);
foreach my $line (@k_file) {
my @array = split (/,/, $line);
$known_interactions{$array[0]} = $array[1];
}
for (my $i = 0; $i <= $#e_file; $i++) {
for (my $j = $i+1 ; $j <= $#e_file; $j++) {
if ((exists $known_interactions{$e_file[$i]}) && ($known_interactions{$e_file[$i]} == $e_file[$j])) {next;}
if ((exists $known_interactions{$e_file[$j]}) && ($known_interactions{$e_file[$j]} == $e_file[$i])) {next;}
print "$e_file[$i],$e_file[$j]\n";
}
}