r - 删除具有特定 % 0 的列

Question

我是 R 的新手，我有一个名为 pedM 的数据框，它有 203 行和 19 列，我想编写一行代码来删除然后在数据框中返回值主要为 0 的列（例如，98% 的列是0)。

我正在使用数据框输出一个基于基因表达返回图像的热图，并且我想摆脱那些对数据没有真正贡献的异常值的行。

我想我正在寻找的代码行相当简单，但我无法理解正确的方法。重申一下，寻找一条基本上可以从具有 98% 0 或 2% 非零的数据框中删除列的行，无论哪种方式更容易。

提前致谢。

维韦克

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为了清楚起见，我喜欢分几步来做这件事。首先定义一个函数来检查向量的 98% 是否为零并返回 True 或 False：

myfun <- function(x, threshhold=0.98) {
  if(length(x[x==0])/length(x) > threshhold) {
    TRUE
  } else {
    FALSE
  }
}

然后使用以下方法为每列创建一个布尔向量apply：

to.drop <- apply(pedM, 2, myfun)

最后删除您不想要的列：

pedM <- pedM[, !to.drop]

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