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我是编程和计算机世界的新手。我正在尝试用 MMTK 研究生物分子模拟。

我在 Windows 7 中运行它并且我已经安装了这个软件：

  • python-2.5.4
  • numpy-1.6.2-win32-superpack-python2.5
  • netCDF4-0.8.2.win32-py2.5
  • ScientificPython-2.9.0.win32-py2.5
  • MMTK-2.6.0.win32-py2.5
  • pywin32-217.win32-py2.7

当我运行这个protein.py mmtk 样本时，一切似乎都很好。它显示了 1000 个流程步骤的数量。

但是当我使用该方法运行脚本时view，如下所示：

from MMTK import *
molecule = Molecule('water')
molecule.view()

然后我收到这条消息：

There is no program associated with ..pdb files, please install a suitable viewer

在互联网上搜索了一些答案后，我得到了以下信息：“PDB 文件的查看器可以由环境变量 PDBVIEWER 定义。为了显示 PDB 文件，MMTK 将执行一个命令，该命令由该变量的值后跟一个空格组成以及 PDB 文件的名称。” 我的疑问是：如何通过环境变量 PDBVIEWER 定义 PDB 文件的查看器？变量值是多少？这个环境变量问题在我看来就像火星上出现生命之谜一样简单。我知道如何改变它，但我不知道改变什么或何时改变它。阅读有关该主题的维基百科文章对我没有太大帮助。所以我想知道的是：案子？我必须添加一个新变量 (PDBVIEWER) 还是只添加一个现有变量的路径？PDBVIEWER 的值路径是什么（不应该是 C:\Windows\System32）？

这是我当前的变量值：

变量名称：路径

变量的值：

C:\Program Files (x86)\PC Connectivity Solution\;C:\Program Files\Common Files\Microsoft Shared\Windows Live;C:\Program Files (x86)\Common Files\Microsoft Shared\Windows Live;%SystemRoot%\system32;%SystemRoot%;%SystemRoot%\System32\Wbem;%SYSTEMROOT%\System32\WindowsPowerShell\v1.0\;C:\Program Files (x86)\Windows Live\Shared;%PYTHON_HOME%;%PYTHON_HOME%\Scripts;C:\Program Files (x86);C:\Python27\; C:\Python27\Scripts;C:\Python25\DLLs

我也有这个 Python 变量：PYTHON_HOME这个变量的值：（C:\Python27虽然我使用的是带有 MMTK 的 Python25）。

对于有经验的程序员来说，这个问题似乎微不足道。但它的答案对其他人可能非常有用。有大量的生物学家、生物化学家和药剂师对使用计算方法来解决他们的问题感兴趣。这些专业人员并不总是在附近有计算机科学家（特别是如果他们在不发达国家）。

克服最初令人沮丧的错误和安装问题对于许多人的科学生涯至关重要。这个问题的答案将对他们有所帮助。

提前致谢。

如果这个论坛不适合这个级别的问题，请给我反馈。

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谷歌说http://spdbv.vital-it.ch/是一个 PDB 查看器。

您需要安装它或您发现可以查看 PDB 文件的其他东西。假设安装程序不只是为您设置该环境变量（它可能），那么您需要将变量 PDBVIEWER 设置为可以查看 PDB 的可执行文件的路径。因此，假设 C:\SwissPDBViewer\view.exe。

于 2012-07-24T01:05:43.987 回答
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安装MMTK 推荐用于可视化的VMD并运行

import os
os.environ['PDBVIEWER'] = 'C:/Program Files (x86)/University of Illinois/VMD/vmd.exe'

from MMTK import *
molecule = Molecule('water')
molecule.view()
于 2012-07-24T02:01:48.760 回答