我有一个大的制表符分隔的 csv 文件,格式如下:
#mirbase_acc mirna_name gene_id gene_symbol transcript_id ext_transcript_id mirna_alignment gene_alignment mirna_start mirna_end gene_start gene_end genome_coordinates conservation align_score seed_cat energy mirsvr_score
我想做的是遍历行并根据“gene_id”字段中的数据(字符串)选择项目,然后将这些行复制到一个新文件中。
我是一个蟒蛇菜鸟,并认为这是弄湿我的脚的好方法,但它比看起来更难!我一直在尝试使用 csv 包来操作文件,使用 dictreader 和 dictwriter 读写基本的东西。如果有人能帮我想出一个迭代搜索方面的模板,我将不胜感激。到目前为止,我有:
import csv
f = open("C:\Documents and Settings\Administrator\Desktop\miRNA Scripting\mirna_predictions_short.txt", "r")
reader = csv.DictReader(f, delimiter='\t')
writer = open("output.txt",'wb')
writer = csv.writer(writer, delimiter='\t')
然后是迭代位,bleurgh:
for row in reader:
if reader.gene_id == str(CG11710):
writer.writerow
这显然行不通。关于更好地构建这个结构的任何想法?