r - 超过 R 中的内存限制（即使使用 24GB RAM）

Question

我正在尝试合并两个数据框：一个有 33 个变量的 908450 个观察值，另一个有 2 个变量的 908450 个观察值。

dataframe2 <-merge(dataframe1, dataframe2, by="id")

我已经从工作内存中清除了所有其他数据帧，并使用以下代码重置了我的内存限制（对于具有 24 GB RAM 的全新桌面）：

memory.limit(24576)

但是，我仍然收到错误消息Cannot allocate vector of size 173.Mb。

关于如何解决这个问题的任何想法？

Answer 1

要跟进我的评论，请使用data.table. 我整理了一个与您的数据相匹配的快速示例来说明：

library(data.table)

dt1 <- data.table(id = 1:908450, matrix(rnorm(908450*32), ncol = 32))
dt2 <- data.table(id = 1:908450, rnorm(908450))
#set keys
setkey(dt1, id)
setkey(dt2, id)
#check dims
> dim(dt1)
[1] 908450     33
> dim(dt2)
[1] 908450      2
#merge together and check system time:
> system.time(dt3 <- dt1[dt2])
   user  system elapsed 
   0.43    0.03    0.47 

所以合并在一起用了不到 1/2 秒的时间。我拍了一张前后截图，看着我的记忆。在合并之前，我使用的是 3.4 gigs 的 ram。当我合并在一起时，它跃升至 3.7 并趋于平稳。我认为您将很难找到比这更节省内存或时间的东西。

前：

后：

Answer 2

据我所知，解决方案有以下三种：

• 使用数据表
• 使用交换内存（可以在 *nix 机器上调整）
• 使用抽样