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我正在R通过库在我的 Python 脚本中使用，rpy2我需要一个不在 R 的默认安装中的包。我该如何安装它？

install.packages("DirichletReg", repos="http://r-forge.r-project.org")

不会工作。

在 Python 上：

>>> install.packages("DirichletReg", repos="http://r-forge.r-project.org") 
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
NameError: name 'install' is not defined

从R：

> install.packages("DirichletReg", repos="http://r-forge.r-project.org")
Installing package(s) into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning message:
In getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib) :
  package ‘DirichletReg’ is not available (for R version 2.14.1)
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3 回答 3

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里卡多的答案不再有效。

要从 Python 安装，我们可以使用以下utils.install_packages函数：

from rpy2.robjects.packages import importr
utils = importr('utils')

（该utils软件包R.utils的 pdf 文档可以在此处找到：https ://CRAN.R-project.org/package=R.utils - 或者，更直接地，这里是我们使用的更详细的install.packages函数文档：https： //www.rdocumentation.org/packages/utils/versions/3.6.2/topics/install.packages。它install_packages在 Python 中被重命名为，因为.它不是合法 Python 名称的一部分，因为它在 R 中。）

接下来，您需要决定从哪个仓库获取包。

utils.install_packages您可以在使用参数调用时声明 repo repos：

utils.install_packages('DirichletReg', repos="https://cloud.r-project.org")

utils.install_packages或者您可以在调用之前设置镜像

utils.chooseCRANmirror(ind=1) # select the first mirror in the list

或者

utils.chooseBioCmirror(ind=1) # select the first mirror in the list

否则 Python/R 将尝试启动交互式镜像选择器（这可能适用于您的设置，也可能不适用）。

然后，对于单个包：

utils.install_packages('DirichletReg')

或者对于多个包，传递一个字符向量：

from rpy2.robjects.vectors import StrVector

package_names = ('ggplot2', 'hexbin')
utils.install_packages(StrVector(package_names))

这些示例改编自rpy2 文档和install.packages文档 - 在我上次编辑时，文档仍然说要这样做。

于 2014-08-15T06:53:17.790 回答
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运行时pytest，Aaron 的回答使我的 Python 挂起并且 R 不断给出错误消息，可能是因为这个：

在没有先选择镜像的情况下调用install_packages()将要求用户以交互方式选择镜像。

根据rpy2 文档，我使用了这个有效的方法：

from rpy2 import robjects
import rpy2.robjects.packages as rpackages

utils = rpackages.importr('utils')
utils.chooseCRANmirror(ind=1)
utils.install_packages("DirichletReg")
DirichletReg = rpackages.importr("DirichletReg")
于 2020-06-23T17:59:41.447 回答
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这个怎么样

>>> import rpy2.interactive as r
>>> r.importr("utils")
>>> package_name = "DirichletReg"
>>> r.packages.utils.install_packages(package_name)
于 2012-07-19T19:35:50.980 回答