bash - 如何处理bash中的每一行

Question

我想打印奇数行（1,3,5,7..）而不做任何更改，但偶数行（2,4,6,8）处理以grep开头的管道。我想将所有内容写入新文件（奇数行没有任何更改，偶数行的新值）。

我知道如何在 awk 中打印每一行：

awk ' NR % 2 == 1 { print; } NR % 2 ==0 {print; }' file.fasta

但是，对于偶数行，我不想使用{print; }，但我想使用我的 grep 管道。

建议将不胜感激。非常感谢。

Answer 1

如果您打算做一个简单的grep，您可以取消额外的步骤并在 awk 本身内进行过滤，例如：

awk 'NR % 2 {print} !(NR % 2) && /pattern/ {print}' file.fasta

但是，如果您打算做更多事情，正如chepner 已经指出的那样，您确实可以从 awk 内部进行管道传输。例如：

awk 'NR % 2 {print} !(NR % 2) {print | "grep pattern | rev" }' file.fasta

这会打开一个到命令的管道"grep pattern | rev"（注意周围的引号）并将打印输出重定向到它。请注意，这种情况下的输出可能与您预期的不同；您最终将首先输出所有奇数行，然后是管道命令的输出（消耗偶数行）。

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（响应您的评论）要计算每个偶数行中的字符数，请尝试：

awk 'NR % 2 {print} !(NR % 2) {print length($0)}' file.fasta

Answer 2

您可以直接从内部管道awk：

awk ' NR % 2 == 1 { print; } NR % 2 ==0 {print | "grep -o [actgnACTGN] | wc -l"; }' file.fasta

但是请注意，这不会保留输入文件的顺序。

（选择的答案更适合手头的任务，但我将把这个答案留在这里作为将 print 语句传递给外部命令的示例。）

Answer 3

为了让您的管道输出与 AWK 输出按顺序显示，您需要在每次迭代时关闭管道。当然，这是非常低效的。

awk 'BEGIN{ cmd = "grep -io \047[actgn]\047 | wc -l" } NR % 2 { print } NR % 2 == 0 { print | cmd; close(cmd) }' file.fasta

您显然不想计算不在指定列表中的字符，所以length($0)不会起作用。这将起作用，并且应该比管道方法快得多：

awk 'NR % 2 { print } NR % 2 == 0 {n = split($0, a, /[^actgnACTGN]/); print length($0) - n + 1}' file.fasta

它的工作原理是使用您不希望作为分隔符的字符分割行，并从行的长度中减去子字符串的计数并加 1。本质上，它从离开的行的长度中减去不需要的字符数结果是想要的字符数。