r - 在 R 中管道两个 bash 命令：损坏的管道错误

Question

我正在尝试在 R 中传输两个 bash 命令，但出现管道损坏错误；任何建议表示赞赏。这就是我所在的位置：

#Create a long file (2GB on your drive...)
write.csv(rep(1,1E8),file="long.txt", row.names=FALSE)

system("grep 1 tmp.txt")    #This works
system("grep 1 tmp.txt| head -n 10")    #This gives a broken pipe error

我得到 grep: writing output: broken pipe 用一个短文件可以正常工作。请问我该如何解决这个问题？

谢谢。

Answer 1

grep正在抱怨，因为它的输出超过 10 行，并且head在完成之前将其切断。

我建议隐藏 grep 的 stderr 输出（这是打印损坏管道错误的地方）。

system("grep 1 tmp.txt 2>/dev/null | head -n 10")

如果您需要从 grep 中查看其他错误，这将不起作用；在这种情况下，您将需要一个更复杂的解决方案。

Answer 2

或者，如果您的实现grep支持它，您可以使用

grep -m 10 PATTERN FILE

部分描述来自：man grep在 Ubuntu 12.04 上

-m NUM, --max-count=NUM
      Stop reading a file after NUM matching lines.

这个选项在我遇到类似问题的 Red Hat 5.8 机器上也可用。