r - 在包 GEOquery 中使用 getGEO() 时出错

Question

我在 R 中运行以下代码：

library(GEOquery)
mypath <- "C:/Users/Farzin/Desktop/BIOC"
GDS1 <- getGEO('GDS1',destdir=mypath)

但我收到以下错误：

Using locally cached version of GDS1 found here:
C:/Users/Farzin/Desktop/BIOC/GDS1.soft.gz 
Error in read.table(con, sep = "\t", header = FALSE, nrows = nseries) : 
  invalid 'nlines' argument

谁能告诉我如何摆脱这个错误？

Answer 1

无论我查询什么 GDS 文件，我在使用来自 ubuntu（12.04）的 R 和 Bioconductor 的 GEOquery（版本 2.23.5）时遇到了同样的错误。会不会是 GEOquery 包有问题？

Answer 2

根据我的经验，getGEO 非常挑剔。我经常遇到连接到 GEO 服务器的问题。如果在下载过程中发生这种情况，getGEO 会留下部分文件。但是由于部分文件在那里，当您尝试重新下载时，它将使用这个缓存的、部分下载的文件，并遇到您看到的错误（您想要的，因为它不是完整的文件）。

要解决此问题，请删除缓存的 SOFT 文件并重试下载。