biopython - 通过 biopython 连接到 Ensembl

Question

我刚刚加入 python 和 biopython 工作，喜欢连接 Ensebml 并获取一些序列和其他数据，如 TSS、一些基因列表等。但我的问题是我似乎无法在 biopython 中找到任何方法或模块来做所以。我知道这是使用 Ensembl API 在 perl 中非常常规的事情。如果有人告诉我或将我指向一个文档以了解这些事情是如何在 biopython 中完成的，我真的很感激。谢谢

Answer 1

您需要使用并安装 pyCogent 模块。然后与 Ensembl 相关的具体内容在这里： http: //pycogent.org/examples/query_ensembl.html

根据您想要做什么，您可能更喜欢使用 Ensembl 的 REST API，它位于：http: //beta.rest.ensembl.org

Answer 2

BioStar有一个类似的问题和一些答案。