module - Biopython，PYTHONPATH，寻找模块的问题

Question

我安装了 Biopython，但我无法让计算机识别模块。例如，我在 Komodo 中创建一个文本文件，如下所示：

from Bio.Alphabet import IUPAC
from Bio import Seq
my_prot=Seq.Seq("AGTACACTGGT",IUPAC.protein)

并在终端运行它并接收：

Traceback (most recent call last):
  File "bio.py", line 1, in <module>
    from Bio.Alphabet import IUPAC
ImportError: No module named Bio.Alphabet

作为记录，我也无法以交互模式导入模块。文档指出，我可以通过导出到名为 PYTHONPATH 的环境变量（与 PATH 一样）来附加模块搜索路径，但是当我在终端中键入“env”时，我看不到这种环境变量。我是生物学家——不是计算机科学家或程序员。如果这听起来像胡说八道，请容忍我的天真。

Answer 1

您必须找到您需要的模块所在的目录（Bio），然后将该目录的路径添加到PYTHONPATH.

$ export PYTHONPATH=/usr/local/bio-python/

而不是/usr/local/bio-python/您必须指定您找到的路径。

要找到模块，您必须使用类似的东西：

$ find / -name \*Bio\*

这只是一个例子。当然如果你能提供一些额外的信息会更好（例如你在哪里安装了模块等等）。

Answer 2

按开始按钮，右键单击我的电脑，选择属性，进入高级，单击环境变量。然后找到您的路径变量，并通过添加分号，然后是您的路径来编辑它。比如我现在的路径变量是“C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_02\bin”，我可以改成“C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_02\bin”；（把路径放在这里）”