string - 需要在输出文件中打印文件的第二列

Question

我们的文件已用 samtools 查看。我只需要抓住第二列，所以我做到了

./samtools view mybamfile.bam | awk '{ print $2 }' > output.txt

您可能会猜到这不起作用.. 如果 awk 不是一个好选择，我应该如何查询以仅获取我的文件mybamfile.bam的第二列我愿意尝试其他任何方法！

Answer 1

我相信 的输出./samtools view view mybamfile.bam是制表符分隔的，因此 AWK 的字段分隔符应设置为制表符 ( -F'\t') 以获得第二列。

试试这个命令：

 ./samtools view mybamfile.bam | awk -F'\t' '{ print $2 }' > output.txt

重新制表符作为分隔符：

如果未指定字段分隔符，AWK 将在“空白”（例如，空格和制表符）上-F'\t'拆分，使用确保它仅在制表符上拆分，而不是空格。这使得包含空格和制表符的文件有所不同。例如，

irene adler john moriarty
frank pempleton tim bayliss

假设每行的两个名称之间有一个制表符。如果制表符未指定为字段分隔符，AWK 将看到每行4 个字段，第 2 列将包含adlerand pempleton。如果将制表符指定为字段分隔符，AWK 将只看到每行2 个字段，第 2 列将由john moriatry和组成tim baylis。

在 Linux 下使用 GNU Awk 3.1.6 进行测试。

Answer 2

awk 默认将字段分隔符作为制表符。因此，如果字段分隔符确实是制表符，您的命令应该可以工作。也许你可以尝试：

./samtools view mybamfile.bam |cut -f2 -d'\t'