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我在 linux bash 环境中工作，我有很多文件要编辑，大约 900 个。在一个文件filename.txt中，我有文件名列表，每行一个文件名。例如

ab2.pdb.101
ab2.pdb.109
ab2.pdb.126
ab2.pdb.127
ab2.pdb.13
ab2.pdb.187
ab2.pdb.188

这些文件的前几行上下文是这样的（共245行）

REMARK   1                     PDB file generated by ptraj (set    33)
ATOM      1  N   ALA     1      11.304   3.018  20.878  0.1414  1.8240
ATOM      2  H1  ALA     1      11.574   3.686  21.593  0.1997  0.6000
ATOM      3  H2  ALA     1      11.901   3.162  20.074  0.1997  0.6000
ATOM      4  H3  ALA     1      10.342   3.207  20.625  0.1997  0.6000
ATOM      5  CA  ALA     1      11.449   1.637  21.381  0.0962  1.9080
ATOM      6  HA  ALA     1      12.509   1.464  21.561  0.0889  1.1000

我想用 0.0000 0.0000 替换第二行到文件末尾的最后两列数字

0.1414  1.8240
0.1997  0.6000
0.1997  0.6000
0.1997  0.6000
0.0962  1.9080
0.0889  1.1000

到

0.0000  0.0000
0.0000  0.0000
0.0000  0.0000
0.0000  0.0000
0.0000  0.0000
0.0000  0.0000

所以我想读入一个文件，其中文件名在一个名为“filenames.txt”的文本文件中，并将最后两个列号替换为 0.0000。

谢谢大家的帮助。

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4 回答 4

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此代码用于head获取第一行、tail获取其余行、cut仅获取起始列、paste添加其他列（这两个假设选项卡用于分隔列）、yes生成列。

#! /bin/bash
while read file ; do {
        head -n1 "$file"
        tail -n+2 "$file" | \
            cut -f1-8 | \
            paste - <( yes 0.0000$'\t'0.0000 | \
            head -n $(( $( wc -l < "$file")-1 ))
        )
    }  > "$file".new
done < filenames.txt

更新： 如果文件的结构更复杂，我会使用比 bash 更舒服的东西。例如，这是如何在 Perl 中执行此操作的：

#!/usr/bin/perl
use warnings;
use strict;

open my $NAMES, '<', 'filenames.txt' or die $!;
for my $file (<$NAMES>) {
    chomp $file;
    open my $FILE, '<', $file or die $!;
    open my $NEW,  '>', "$file.new" or die $!;
    print {$NEW} scalar <$FILE>;               # print 1st line
    while (<$FILE>) {
        my @fields = split /(\s+)/;            # keep separators
        @fields[-4, -2] = ('0.0000') x 2;      # replace the last two non-whitespace columns
        print {$NEW} @fields;
    }
}
于 2012-06-11T21:08:06.683 回答
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我确信有更好的方法来指定列之间的选项卡，但它并没有出现在我身上：

#!/bin/bash

# create a list of the files to edit
declare -a FILES=(
    ab2.pdb.101
    ab2.pdb.109
    ab2.pdb.126
    ab2.pdb.127
    ab2.pdb.13
    ab2.pdb.187
    ab2.pdb.188
)

# iterate over the list
for FILE in ${FILES[@]};
do
    NEW=$FILE.new
    head -1 $FILE > $NEW
    cat $FILE | awk 'NR>1 { print $1,"\t",$2,"\t",$3,"\t",$4,"\t",$5,"\t",$6,"\t","0.000","\t","0.000" }' >> $FILE.new
done

希望这可以帮助。

实际上...我不确定您是否也想保留文件中的第一行。如果你这样做，请告诉我，我会修改这个。

已编辑

更新为包含每个文件的标题行 :)

于 2012-06-11T21:43:25.203 回答
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试试这个：

#!/bin/bash
for file in $(cat filename.txt);
do
    perl -pi -e 's/\d+(\.\d+)?(\s+)\d+(\.\d+)?$/0.0000${2}0.0000/g' $file
done

正则表达式的解释：

  • $at the end 表示匹配行尾
  • \d+(\.\d+)?表示匹配一个数字，带有可选的小数部分
  • (\s+)用于“复制”空白，因此保留在替换中

我知道它不是“纯”Bash，但我希望对 Perl 的调用是可以接受的。

于 2012-06-11T21:54:50.710 回答
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有趣的是，每个人都有自己选择的语言的解决方案。就我个人而言，我也会使用 Perl，但确实会在这个组合中添加更多内容，bash 和 sed 怎么样？

#!/bin/bash
function fixfile() {
  #skip the 'REMARK' line and any blank lines, replace other lines
  sed '/^REMARK.*/d' $1 | sed '/^ *$/d' | sed 's/^.*/0.0000  0.0000/' > $1$$
  mv $1$$ $1
}

for fname in `cat filelist`; do
  fixfile $fname
done

您说“将最后两列编号替换为 0.0000”，但您的示例显示用固定的“0.0000 0.0000”完全替换这些行。您是要保留这些行并替换最后两列，还是您真的想替换整行？

于 2012-06-11T22:29:43.313 回答