18

我的一般问题是我在使用 iGraph 生成图形时丢失了顶点名称/标签（不确定这里的正确词）。

我有一个二分网络的边缘列表 IC_edge_sub，如下所示：

  new_individualID new_companyID
1             <NA>     10024354c
3        10069415i      2020225c
4        10069415i     16020347c
5        10069272i      2020225c
6        10069272i     16020347c
7        10069274i      2020225c

然后我创建一个图形元素：

IC_projected_graphs <- bipartite.projection(IC_twomode, types = 
                         is.bipartite(IC_twomode)$type)

然后将其折叠以仅识别 companyID 之间的连接

IC_projected_graphs <- bipartite.projection(IC_twomode, types =   
                         is.bipartite(IC_twomode)$type)

然后得到邻接矩阵：

CC_matrix_IC_based <- get.adjacency(CC_graph_IC_based); CC_matrix_IC_based

在 iGraph 中，节点编号从零开始，因此矩阵命名也从零开始。但是，我现在需要最终 CC_matrix_IC_based 矩阵中边缘列表的第二列中指定的“new_companyID”。

你能帮我如何使用原始边缘列表中的信息将行名和列名放入最终的邻接矩阵中吗？

我用谷歌搜索并搜索了堆栈流，但无法真正找到有效的答案。非常感谢你的帮助

4

2 回答 2

24

顶点名称通常存储在以nameigraph 命名的顶点属性中。因此，如果您的图形存储在变量g中，那么您可以使用它V(g)$name来检索所有顶点的名称。

于 2012-06-08T11:16:50.333 回答
2

关键问题是我在生成图表时没有保存名称。之后我需要确保不会丢失数据。以下是整体解决方案：

# Subsetting / triangulating data for selected games
GC_edge_sub <- subset (GC_edge, mb_titleID %in% loggames_yearly_sample$mb_titleID)
GC_edge_sub <- subset(GC_edge_sub, select = c("new_titleID", "new_companyID"))
head(GC_edge_sub)

# Generating the vertex names
vertex_new_companyID <- data.frame(names = unique(GC_edge_sub$new_companyID))
vertex_new_titleID <- data.frame(names = unique(GC_edge_sub$new_titleID))
vertex <- rbind(vertex_new_companyID, vertex_new_titleID)

# Creation of GC_twomode
GC_twomode <- graph.data.frame(GC_edge_sub, vertices = vertex)
GC_projected_graphs <- bipartite.projection(GC_twomode, 
                                            types = is.bipartite(GC_twomode)$type)
GC_matrix_GC_based <- get.adjacency(GC_twomode)
dim(GC_matrix_GC_based)

# Collapsing the matrix
# Be aware that if you use the classical command 
# `CC_graph_GC_based <- GC_projected_graphs$proj2` 
# it collapses, but looses the colnames and rownames
# I thus: a) create a subset of the adjacency matrix; and
#         b) create the lookef for matrix by multiplication
rowtokeep <- match(vertex_new_companyID$names, colnames(GC_matrix_GC_based))
coltokeep <- match(vertex_new_titleID$names, rownames(GC_matrix_GC_based))
GC_matrix_GC_based_redux <- GC_matrix_GC_based[rowtokeep, coltokeep]
# We now have a CG matrix.Let's build from this a GG matrix.
CC <- GC_matrix_GC_based_redux %*% t(GC_matrix_GC_based_redux)
于 2012-06-09T01:42:42.700 回答