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我第一次构建一个 R 包并且遇到了一些麻烦。我正在执行 R CMD 检查并收到以下错误：

get.AlignedPositions: no visible global function definition for 'subject'

我不确定是什么原因造成的。我的代码中什至没有“主题”变量。代码相当长，所以除非有人在评论中询问，否则我宁愿不粘贴所有代码。我应该寻找一些具体的东西吗？我唯一能想到的是我有这样一行：

alignment <-pairwiseAlignment(pattern = canonical.protein, subject=protein.extracted, patternQuality=patternQuality,
                            subjectQuality=subjectQuality,type = type, substitutionMatrix= substitutionMatrix,
                            fuzzyMatrix=fuzzyMatrix,gapOpening=gapOpening,gapExtension=gapExtension,
                            scoreOnly=scoreOnly)

但主题是由pairwiseAlignmentBiostrings 包中的函数定义的。谢谢您的帮助！

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R 发现了一个函数subject, 正在使用而没有一个称为subject可用的函数。这个关于 R-devel的讨论解释了一个可能的原因。在这种情况下，有条件地使用代码，例如，如果安装了某个包，我们将使用它的功能。在未安装此软件包的系统上检查该软件包时，我们会遇到此类警告。所以请检查是否可能是这种情况。或者，您可能在不存在函数的情况下调用主题而犯了一个错误，例如subject，它不是函数而只是一个对象。

于 2012-06-07T09:10:47.387 回答