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R中的heatmap函数应该帮助人们解释矩阵元素的相对值。然而,在给定的图中,似乎没有一致地对单元格进行着色,这是正确解释相对值的严重障碍。

例如,让我们通过连接正常随机变量的列来生成一些数据:

foo <- cbind(replicate(10,rnorm(10)))

现在,如果我们关联 foo 的列,我们可以验证我们在对角线条目中得到 1,因为任何列与其自身的相关性都是 1:

cor.matrix <- cor(foo)

但是当我们绘制时:

heatmap(cor.matrix,Rowv=NA,Colv=NA)

(我们在这里抑制了树状图的重新排序,尽管这似乎无关紧要)

如您所见,对角线单元格的颜色不均匀:这里

谁能解释这里发生了什么?

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默认情况下,热图按“行”缩放。

heatmap(cor.matrix,Rowv=NA,Colv=NA, scale="none")
于 2012-05-31T21:12:19.360 回答