windows - 在 Windows 上将 shQuote 与 R 一起使用

Question

我正在测试 R (Windows) 中的 bio3d 包，遇到了一个相当普遍的问题：

bio3d 中的“seqaln”函数尝试发出以下系统命令：

#cmd = "muscle -in C:\\Users\\derek\\AppData\\Local\\Temp\\RtmpUSXJCb\\file756f52c9 -out c:/pdb/temp.fas  -seqtype protein"
system(shQuote(cmd))

据我所知，什么也没发生。但是，一旦我删除了“shQuote”，该函数 - seqaln - 就会按预期工作。shQuote 所做的一切都是在命令周围添加一对“”：

"\"C:/_utils/muscle.exe -in C:\\Users\\kfoo\\AppData\\Local\\Temp\\RtmpUSXJCb\\file756f52c9 -out c:/pdb/temp.fas  -seqtype protein\""

使用 shQuote 有什么问题吗？

谢谢！

Answer 1

问题是您正在应用shQuote()一个包含命令及其参数的字符串。中的示例都shQuote()没有这样做，您也不应该这样做！

以下内容不起作用，原因与直接在 Windows命令行\"echo HelloWorld\"键入时失败的原因相同：cmd

system(shQuote("echo HelloWorld"))

相反，您应该执行以下操作：

system("echo HelloWorld")
# HelloWorld

或者，如果您的命令及其参数都可能包含空格，则可以shQuote()这样使用：

system(paste(shQuote("echo"), shQuote("HelloWorld")))
# HelloWorld