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我是 R 新手，我编写了一些代码来根据我的需要汇总 .csv 文件中的数据。

这是代码。

raw <- read.csv("trees.csv")

看起来像这样

                                 SNAME     CNAME        FAMILY PLOT INDIVIDUAL CAP   H
1 Alchornea triplinervia (Spreng.) M. Arg. Tainheiro Euphorbiaceae    5        176  15 9.5
2               Andira fraxinifolia Benth.   Angelim      Fabaceae    3        321  12 6.0
3               Andira fraxinifolia Benth.   Angelim      Fabaceae    3        326  14 7.0
4               Andira fraxinifolia Benth.   Angelim      Fabaceae    3        327  18 5.0
5               Andira fraxinifolia Benth.   Angelim      Fabaceae    3        328  12 6.0
6               Andira fraxinifolia Benth.   Angelim      Fabaceae    3        329  21 7.0

#add 2 other rows
for (i in 1:nrow(raw)) {
  raw$VOLUME[i] <- treeVolume(raw$CAP[i],raw$H[i])  
  raw$BASALAREA[i] <- treeBasalArea(raw$CAP[i])
}

#来了。我需要一个新的数据框，其中包含 H 列和 CAP 列的平均值以及 VOLUME 和 BASALAREA 列的总和。此数据框按列 SNAME 分组，并按列 PLOT 分组。

plotSummary = merge(
  aggregate(raw$CAP ~ raw$SNAME * raw$PLOT, raw, mean),
  aggregate(raw$H ~ raw$SNAME * raw$PLOT, raw, mean))

plotSummary = merge(
  plotSummary,
  aggregate(raw$VOLUME ~ raw$SNAME * raw$PLOT, raw, sum))


plotSummary = merge(
  plotSummary,
  aggregate(raw$BASALAREA ~ raw$SNAME * raw$PLOT, raw, sum))

函数 treeVolume 和 treeBasal area 只返回数字。

treeVolume <- function(radius, height) {
  return (0.000074230*radius**1.707348*height**1.16873)
}

treeBasalArea <- function(radius) {
  return (((radius**2)*pi)/40000)
}

我确信有更好的方法可以做到这一点，但是如何呢？

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2 回答 2

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我无法读取您的示例数据，但我想我已经做了一些通常代表它的东西......所以试一试。此答案基于 Greg 的建议，即查看 plyr 和按 data.frameddply的段分组并numcolwise计算您感兴趣的统计数据的函数。

#Sample data
set.seed(1)
dat <- data.frame(sname = rep(letters[1:3],2), plot = rep(letters[1:3],2), 
                  CAP = rnorm(6), 
                  H = rlnorm(6), 
                  VOLUME = runif(6),
                  BASALAREA = rlnorm(6)
                  )


#Calculate mean for all numeric columns, grouping by sname and plot
library(plyr)
ddply(dat, c("sname", "plot"), numcolwise(mean))
#-----
  sname plot        CAP        H    VOLUME BASALAREA
1     a    a  0.4844135 1.182481 0.3248043  1.614668
2     b    b  0.2565755 3.313614 0.6279025  1.397490
3     c    c -0.8280485 1.627634 0.1768697  2.538273

编辑 - 对更新问题的回应

好的 - 现在您的问题或多或少可以重现，这就是我的处理方法。首先，您可以利用 R 是矢量化的这一事实，即您可以一次计算来自 VOLUME 和 BASALAREA 的所有值，而无需遍历每一行。对于那一点，我推荐这个transform功能：

dat <- transform(dat, VOLUME = treeVolume(CAP, H), BASALAREA = treeBasalArea(CAP))

其次，意识到您打算计算 CAP & H 然后 VOLUME & BASALAREA 的不同统计数据，我建议使用该summarize函数，如下所示：

ddply(dat, c("sname", "plot"), summarize,
  meanCAP = mean(CAP),
  meanH = mean(H),
  sumVOLUME = sum(VOLUME),
  sumBASAL = sum(BASALAREA)
  )

这将为您提供如下所示的输出：

  sname plot   meanCAP     meanH    sumVOLUME     sumBASAL
1     a    a 0.5868582 0.5032308 9.650184e-06 7.031954e-05
2     b    b 0.2869029 0.4333862 9.219770e-06 1.407055e-05
3     c    c 0.7356215 0.4028354 2.482775e-05 8.916350e-05

的帮助页面?ddply, ?transform, ?summarize应该是有见地的。

于 2012-05-29T20:18:40.607 回答
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看plyr包装。我将按 SNAME 变量为您拆分数据，然后您为其提供代码以执行您想要的一组汇总（混合均值和总和等），然后它将为您重新组合在一起。您可能想要该包中的“ddply”或“daply”功能。

于 2012-05-29T19:56:42.267 回答