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我需要你的帮助。我有超过 40000 种 fasta 文件格式的蛋白质。

首先我想写一个函数：

  • 能够计算 b 和 y 离子的质量
  • 从目标蛋白创建肽数据库（mat-file）
  • 创建来自诱饵蛋白的肽数据库（mat-file）

然后，我想：

  • 加载观察到的数据
  • 在给定 ppm 精度的情况下过滤肽数据库中的候选肽
  • 编写一个函数，根据观察到的数据对候选肽进行评分
  • 提出一个阈值方案来区分真正的肽谱匹配和虚假的匹配
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首先，FASTA 是文本文件格式。要编写文本文件fopen，请查看fprintf和的 MATLAB 文档fclose。要从您编写的数据文件中加载文本，您可以使用fopen,fscanf和fclose. 实际上，MATLABfastainfo也fastaread有fastawrite。您应该查看这些命令以及其他可能对您有用的 FASTA 相关和蛋白质分析相关命令的 MATLAB 文档（我没有做过蛋白质分析，所以我不能说您需要哪些）。

此外，您在一个问题中问了很多事情，以至于不可能全部回答，因为您的问题恕我直言，有点像“我如何编写整个程序？”。但是我认为您可以开始使用我列出的命令，并且当您编写了一些代码并尝试解决了明确定义的问题时，您可以发布一个关于它的新问题，并附上相关的部分代码。

于 2012-05-26T16:54:05.947 回答
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MATLAB 的生物信息学工具箱包含构建块例程，您可以将这些例程放在一起来实现此目的。如果您在将它们放在一起时遇到特定问题，请发布特定问题。

于 2012-05-26T21:42:26.620 回答