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我正在使用来自 Biobase 的包：arrayQualityMetrics 用于创建用于微阵列数据可视化的图。

我的数据存储在 ExpressionSet 中。phenoData(ExpressionSet) 的列名之一的名称为“Tissue”，但是当我运行以下命令时：

arrayQualityMetrics(ExpressionSet,intgroup = "Tissue")

它给了我一个错误，说：

Error in prepdata(expressionset, intgroup = intgroup, do.logtransform = do.logtransform) : 
  all elements of 'intgroup' should match column names of 'pData(expressionset)'.

我不明白为什么我会收到此错误，尽管我的 ExpressionSet 在其 phenoData 中包含一个名为“Tissue”的列。

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您问这个问题已经有一段时间了，但这可能是由于 arrayQualityMetrics() 必须将 pData() 槽中的数据框缩减为有限数量的字段，以便在报告开头的元数据表中显示。

尝试类似：

tmp <- pData(ExpressionSet)
pData(ExpressionSet) <- tmp[,c("Tissue", "SomeOtherInterestingField")] # swap out
arrayQualityMetrics(ExpressionSet,intgroup="Tissue")
pData(ExpressionSet) <- tmp # replace with your original full pData() data frame
于 2012-08-16T23:40:44.493 回答