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所以我在一台旧的（全铝制的）macbook pro 上运行雪豹并使用终端连接到我工作网络上的远程主机。当我在终端中复制和粘贴内容时，我注意到一件奇怪的事情。

例如，我将在文件中 grep 查找类似的内容：

samtools view sorted-616.bam | grep 'SOLEXA9:1:1:30:3316:10211' | head -n 1

它给了

SOLEXA9:1:1:30:3316:10211 69 k26_179705 159 0 * = 159 0 TATGCCGCCAAACGCTTCCGCAAAGCTCTGTGTTTGACTATGTAGCGACTA CBCCCCCC@CCCCCCCC?@CC?CC##################### #### RG:Z:1

但是现在当我选择它时，按 command+c 复制，然后按 command+v 粘贴，结果如下：

SOLEXA9:1:1:30:3316:1021169k26_1797051590*=1590TATGCCGCCAAACGCTTCCGCAAAGCTCTGTGTTTGACTATGTAGCGACTACBCCCCCC@CCCCCCCCC?@CC?CC########################RG:Z :1

注意现在字段之间没有空格。有没有一种特殊的方法可以完全按照原样复制和粘贴内容？为什么终端会这样？

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使用 pbcopy 时会发生什么？

samtools view sorted-616.bam | grep 'SOLEXA9:1:1:30:3316:10211' | head -n 1 | pbcopy

这应该与复制命令执行相同的操作，但不必选择所需的输出。

您是否尝试过另一个终端模拟器？我使用iTerm2是因为它会在选择时复制到剪贴板，而无需按 Command-c。

编辑：您可能必须安装 Apple 的开发人员工具才能获得 pbcopy/pbpaste 工具。

于 2012-05-16T18:06:57.407 回答
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不知道为什么粘贴的文本中缺少空格，但我会尝试将输出写入文件，在编辑器中打开文件并尝试查看它是否不是标准空格/换行符。你似乎知道你的管道方式，但无论如何：

samtools view sorted-616.bam | grep 'SOLEXA9:1:1:30:3316:10211' | head -n 1 > file.txt

这可能取决于主机正在运行的系统。在与 linux/unix 主机进行 ssh 连接时，我遇到了一些问题，而 Mac 到 Mac 通常工作得很好。

于 2012-05-16T17:35:30.423 回答