r - Sweave 用户如何与 Word 用户协作？

Question

我想向SO 社区提出这里讨论的问题：Sweave 用户与 Word 用户协作的最佳方式是什么？

我正在尝试将我的整个工作流程转移到 R 和 Sweave（或类似的，例如，也许 Knitr 会被证明更有用）。然而，我工作流程的最后一步通常是与合作者一起撰写手稿。它们通过来回传递 MS Word 文档以及使用 Track Changes 编辑文本来工作。

让我们规定，我不能说服他们中的任何人学习任何新软件——他们的过程不会改变。我正在寻找一种简单的方法来：

1.) 将 Sweave 创建的文档发送给共同作者

2.) 允许他们在 Word 中打开文档并进行跟踪更改

3.) 接收编辑后的文档并将它们重新合并到 Sweave 中，理想情况下以某种方式突出显示共同作者的更改

4.) 如果该解决方案适用于 OSX，那就太好了。

R 帮助邮件列表上的讨论集中在SWord上，它似乎没有文档记录并且仅适用于 Windows。有谁知道好不好？Vanderbilt 的 biostatistics wiki 上的讨论很好地讨论了如何将 Sweave 文档转换为 Word 可读形式，但没有太多关于如何将编辑过的 Word 文档与 Sweave 集成。

Answer 1

我使用多种方法，具体取决于编辑人员。我的默认设置是让编辑/合作者标记 PDF 或硬拷贝。 Foxit Reader是免费的，并提供比 Acrobat 阅读器更广泛的 PDF 评论工具，尽管阅读器允许评论气泡。

对于更广泛的贡献，它有助于我将文档的 Sweave 部分与正文分开，例如通过将结果写入 results.Rnw 并插入\input{results.tex}到主文档中。这允许您发送不包含 R 标记的部分。您还可以将序言和参考书目之间的所有内容复制粘贴到 Word 文档中，并要求用户忽略标记。如果您从具有语法突出显示的编辑器中复制粘贴，则可以将其复制到 word 中，从而使过程更容易。

您也可以考虑使用Inference for R，就像 Sweave for Word。还有Lyx，它需要用户学习一个新程序，但它比 Sweave 更易于使用。

Answer 2

我一直认为这是 odfWeave 的一个很好的用例......

Answer 3

我已经研究这个问题几个星期了，这就是我到目前为止的想法。不幸的是，我的新手声誉不允许发布所有正确的链接，但谷歌搜索应该对所有涉及的包都很明显。

LaTeX 和 Word 之间的转换很麻烦，因此我认为使用允许导出到 LaTeX 和 Word 的第三种格式是可行的。有几种选择。首先，你有 Markdown，一种我用来写这篇文章的标记语言 :)。Markdown 本身并不真正适合学术写作，但在开发中有一个扩展，允许引用、脚注和技术写作的其他功能。

其次，也许更有希望的是来自 Docutils 的 reStructuredText 标记，它已经可以处理引用。我的想法是使用 reST 以纯文本形式编写我的文章，使用 knitr 将它们编织（或编织）成 HTML 或 PDF，这在 R 中本机支持。R 代码当然可以嵌入，这就是重点。

要将文本转换为 .doc 可以使用Pandoc，它还可以处理引用，并且能够在多种文档格式之间进行转换，包括 PDF、Word、OpenDocument 等。

我仍然必须弄清楚整个工作流程。在没有引用的情况下转换格式对我来说似乎很简单（即使之后需要在 Word 中进行一些小的编辑）。使用引文仍然需要弄清楚。希望这些信息可以帮助那些走在可重复研究的同一条道路上的人，但也可以帮助那些需要与非极客人群分享文本的人。