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我是 bash 脚本的新手，想编写一个 bash 脚本来执行以下操作。我有两个制表符分隔的文件，如下所示：

# file1 #
## position id 
.
.
.


# file2
## position type
. 
.
.

文件 2 是关于位置列的文件 1 的子集。我想生成file3，这样对于file2中的每一行，它都会在file1中查找具有相同位置的行并将以下内容写入file3

position id type
.
.
.

所以，我想基本上找到 file1 和 file2 （第一列）之间的共同位置，并将它们连同它们的 id 和类型（各自文件中的第 2 列）一起写出来。我知道如何使用 python 来做到这一点，但我想学习如何使用 bash 脚本来执行这样的过程 - 我将不胜感激上述问题的任何示例代码。

额外说明：

每列的值如下

  • 位置：chr1:887799
  • 编号：R2A
  • 类型：字母字符串

谢谢

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2 回答 2

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join -a 1 <(sort file1) <(sort file2)

应该带你到那里

join 的手册页有更多的背景和示例：

于 2012-05-14T22:23:00.783 回答
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首先，您需要使文件以制表符分隔，然后就像

join -j 1 first.txt second.txt
于 2012-05-14T22:22:20.207 回答