image - R：哪个热图/图像可以在没有任何树状图的情况下获得行排序图？

Question

哪个包最适合仅对行进行排序的热图/图像，但不显示任何树状图或其他视觉混乱（只是在两个轴上具有自动命名标签的 2D 彩色网格）。除了基本的数字排序，我不需要花哨的聚类。数据是我想要可视化的范围 (0,0.21) 中的 39x10 数字表。

我搜索了 SO（见此）和 R 站点，并尝试了一些。查看R 图形手册以查看出色的可搜索屏幕截图和相应包列表。

软件包的范围令人困惑——哪一个是首选的热图（如ggplot2用于大多数其他绘图）？这是我到目前为止发现的：

• base::image - 不好，轴上没有名称标签，没有排序/聚类
• base::heatmap - 选项比以下选项更难理解：
• pheatmap::pheatmap - 很棒，但似乎无法关闭树状图？（任何黑客？）
• 正如安德烈指出的那样，ggplot2 人们使用 geom_tile
• gplots::heatmap.2 , ref - 似乎受到生物技术人员的青睐，但对于我的目的来说太过分了。（与ggplot*或 Wickham 教授无关）
• plotrix::color2D.matplot也存在

base::heatmap很烦人，即使使用 argsheatmap(..., Colv=NA, keep.dendro=FALSE)它仍然会在行上绘制不需要的树状图。

现在我要pheatmap(..., cluster_cols=FALSE, cluster_rows=FALSE)手动对我的表进行预排序，比如这个人：热图中的行顺序？

附录：要显示每个单元格内的值，请参阅：将包含值的矩阵显示为热图。我不需要那个，但它很好。

Answer 1

pheatmap您可以使用选项并将treeheight_row其treeheight_col设置为 0。

Answer 2

只是你没有提到的另一个选项......包bipartite，因为它就像你说的那样简单

library(bipartite)
mat<-matrix(c(1,2,3,1,2,3,1,2,3),byrow=TRUE,nrow=3)
rownames(mat)<-c("a","b","c")
colnames(mat)<-c("a","b","c")
visweb(mat,type="nested")