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我在这里绘制染色体的长度值

在此处输入图像描述

没有点的中间区域没有数据，不应该得到黄土线。如何修改我的代码以阻止该区域上的黄土线？数据是连续的，但我可以添加行以使用一些特殊值标记空白区域或添加带有标签的列？但是如何在命令中使用它？

我当前的命令：

library(IDPmisc)

# plot settings (edit here)
spanv<-0.05
pointcol1="#E69F00"
pointcol2="#56B4E9"
pointcol3="#009E73"
points=20
linecol="green"
xlabs=paste(onechr, " position", " (loess-span=", spanv, ")", sep="")

data1<-NaRV.omit(data[,c(2,7)]) # keep only x and y for the relevant data 
                                # and clean NA and Inf
ylabs='E / A - ratio'
p1<-ggplot(data1, aes(x=start, y=E.R)) +
ylim(0,5) +
geom_point(shape=points, col=pointcol1, na.rm=T) +
geom_hline(aes(yintercept=1, col=linecol)) +
geom_smooth(method="loess", span=spanv, fullrange=F, se=T, na.rm=T) +
xlab(xlabs) +
ylab(ylabs)
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1 回答 1

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我会做以下两件事之一：

  1. 在loess()之外进行拟合ggplot()，分别预测两个区域，并将每组预测添加到具有自己geom_line()图层的图中。
  2. 与上述类似，但这次是在ggplot()操作范围内。将两层添加到绘图中，而不是一层，都使用geom_smooth()，但重要的是更改data提供给每个的参数以仅引用数据的一个或另一部分。

对于后者，可能类似于：

....
geom_smooth(data = data[1:n, ], method="loess", span=spanv, fullrange=FALSE, 
            se=TRUE, na.rm=TRUE) +
geom_smooth(data = data[m:k, ], method="loess", span=spanv, fullrange=FALSE, 
            se=TRUE, na.rm=TRUE)
....

wheren和mandk指的是标记第 1 组结束和第 2 组开始和结束的索引，需要您直接定义或提供。

于 2012-05-10T09:03:09.690 回答