python - 处理（迭代）几个（HDF5）文件和每个 HDF 文件中的几个节点

Question

如何在 Numpy 中自动处理升序文件名和数组名：

我有一系列名为的 HDF5 文件：

20120101.hdf5, 20120102.hdf5, 20120103.hdf5, ..., 20120130.hdf5, 20120131.hdf5  

每个 hdf5 文件都包含几个数组命名：

array1, array2, array3, ..., array24

我想分别修改每个数组，然后创建相应的新 hdf5 文件。例如，使用20120101.hdf5：

import numpy
import tables

file = openFile("20120101.hdf5","r")
b1 = file.root.array1
c1 = (b1<=1)
new20120101_array1 = creatArray('/','1',c1)
c2 = ((b1<=2) and (b>1))
new20120101_array1 = creatArray('/','2',c2)
.
.
.

c20 = ((b1<=20) and (b>19))
new20120101_array1 = creatArray('/','20',c20)

并对数组 2-24 重复此操作。结果，我想要：

new20120101.hdf5 ---- new20120101_array1 ---- 1
                                              2
                                              ...
                                              20
                 ---- new20120101_array2 ---- 1
                                              ...
                                              20
                 ...
                 ---- new20120101_array24 --- 1
                                              ...
                                              20
new20120102.hdf5
....
new20120131.hdf5

Answer 1

如果目录中有多个文件，则可以使用该os.listdir函数，该函数返回一个包含目录中条目名称的列表。

例子：

import os
import tables

direc = '/Users/cg/' # the working directory (where your files are stored)
dirs = os.listdir(direc)

for idir in dirs: # this will iterate over the files in your working directory

    if idir.endswith('.he5'): # only for HDF5 files...
        hdf5 = tables.openFile(os.path.join(direc,idir))

        #### DO WHAT YOU WANT WITH EACH FILE!

        hdf5.close()

我猜你的问题的另一部分已经在你的另一个问题walkNodes中得到了回答（你可以使用该功能）。