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我有一个由 3 个序列生成的比对clustalx

AAAACGT Alpha
AAA-CGT Beta
AAAAGGT Gamma

我可以通过 Biopython 中的预定义索引对对齐进行切片align[:,:4]

但是，打印结果会给出：

AAAA Alpha
AAA- Beta
AAAA Gamma

如何在不打印下面给出的名称的情况下捕获子对齐？

AAAA
AAA-
AAAA

align[:,:4].seq不提供我正在寻找的输出。

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2 回答 2

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您可能可以执行以下操作：

for x in align[:, :4]:
    print x.seq

或者在 print 语句所在的位置做任何你想做的事情。

于 2014-01-27T15:11:45.900 回答
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我需要先问一个后续问题 - 的确切类型是align[:,:4]什么？

无论哪种方式，它似乎都是某种数组，所以你不能简单地做.seq. seq如果确实是单个条目的属性，您可以做的是使用map函数提取它们：

map(lambda el: el.seq, align[:, :4])
于 2012-05-11T14:48:03.510 回答