0

我正在使用以下代码来组合两个文本文件：

def combine_acpd_ccs(self, ccs_file, acps_file, out_file):

    with open(ccs_file, 'r') as in_file1:
        with open(acps_file, 'r') as in_file2:
            with open(out_file, 'w') as out1:
                out1.write('PDB\tPA\tEHSS\tACPS\n')
                for line in in_file1:
                    segs = line.split()
                    for i in in_file2:
                        sse_score = i.split()
                        #print line
                        #print segs
                        if segs[0][:-4] == sse_score[0]:
                            out1.write(segs[0][:-4]+'\t'+segs[1]+'\t'+segs[2]+'\t'+sse_score[1]+'\n')

示例数据如下所示：

ccs_file:

1b0o.pdb    1399.0  1772.0
1b8e.pdb    1397.0  1764.0

acps_文件：

1b0o    0.000756946316066
1b8e    8.40662008775
1b0o    6.25931529116

我希望我的输出是这样的：

PDB PA  EHSS    ACPS
1b0o    1399.0  1772.0  0.000756946316066
1b0o    1399.0  1772.0  6.25931529116
1b8e    1397.0  1764.0 8.40662008775

但是我的代码只生成了我预期输出的前两行。segs如果我在第二个循环中打印，则for仅将第一行ccs_file传递给循环。有什么想法我哪里出错了吗？

4

1 回答 1

7

问题是您不会in_file2在每次外循环迭代后重新打开/倒带。

已执行

for i in in_file2:

所有后续的迭代尝试都in_file2不会做任何事情，因为文件指针已经位于文件的末尾。

如果文件相对较小，您可能希望加载ccs_file到内存中，然后进行字典查找。

于 2012-05-03T15:58:45.863 回答