imagej - ImageJ - 批量堆叠的图像

Question

我有 .tiff 文件，每个文件包含 25 个堆栈部分。有没有办法批量使用“Image to Stack”命令？每个数据集包含所有三个颜色通道的 60 个 tiff。

谢谢克里斯汀

Answer 1

了解如何执行这些操作的一般方法是使用宏记录器，您可以在Plugins > Macros > Record .... 如果您然后像往常一样转到File > Import > Image Sequence...并选择序列的第一个文件，您应该会在记录器中看到类似以下内容：

run("Image Sequence...", "open=[/home/mark/a/1.tif] number=60 starting=1 increment=1 scale=100 file=[] or=[] sort");

为了让它适用于任意数量的切片（我的示例恰好有 60 个），只需省略该number=60位即可。因此，例如，要从命令行将此文件目录转换为单个文件，您可以执行以下操作：

imagej -eval 'run("Image Sequence...", "open=[/home/mark/a/1.tif] starting=1 increment=1 scale=100 file=[] or=[] sort"); saveAs("Tiff", "/home/mark/stack.tif");' -batch