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(1) 我必须安装一个 python 包 (HTSeq) 但我没有 root 权限。

该软件包需要 python 2.4 或最新版本。我们的集群上有 python 2.3。

因此，我使用在我的一个本地目录上安装了 python 2.7

./configure --prefix=/home/amit/tools/localpython 
make 
make install

(2) 该软件包还需要 numpy ：所以我还使用以下命令将它安装在我的本地目录中：

/home/amit/tools/localpython/bin/python2.7 setup.py install --home=/home/amit/tools/localnumpy

并做了

>>> sys.path.append("/home/amit/tools/localnumpy/lib/")

(3) 我下载了 HTSeq 的 tar 文件（我想下载）并运行

/home/amit/tools/localpython/bin/python2.7 setup.py install --home=/home/amit/tools/localhtseq

它抛出以下错误：

Could not import 'setuptools',
falling back to 'distutils'.
Setup script for HTSeq: Failed to import 'numpy'.
Please install numpy and then try again to install HTSeq.

请给我一些关于如何克服它的提示

提前致谢

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Setuptools 是安装该软件包所需的另一个要求。

一种选择是使用 virtualenv 创建一个包含的 python 环境。这可以在任何地方制作，并归创建它的用户所有。

要安装没有管理员权限的 virtualenv（来自此答案）：

下载最新版本 virtualenv 的 tar.gz。打开包装。你甚至不需要安装它，只需运行 virtualenv.py，例如：

wget http://pypi.python.org/packages/source/v/virtualenv/virtualenv-1.7.1.2.tar.gz
tar -xzf virtualenv-1.7.1.2.tar.gz
/home/amit/tools/localpython/bin/python2.7 virtualenv-1.7.1.2/virtualenv.py env

env/bin/pip install HTSeq
env/bin/pip install numpy

现在在虚拟环境中使用 python 二进制文件运行您的脚本：

env/bin/python myscript.py
于 2012-05-01T11:37:31.883 回答
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1）您必须安装setuptools（必须运行您的 HTSeq 的 setup.py）。

下载源tar.gz setuptools-0.6c11.tar.gz，解压，然后像安装 python2.7 一样执行步骤，但在解压 setuptools 源的文件夹中：

./configure --prefix=/home/amit/tools/localpython 
make 
make install

2) 当您安装 setuptools 时，一个easy_install可执行文件将出现在python2.7/scripts/文件夹中。您可以使用它轻松安装软件包：

/home/amit/tools/localpython/bin/python2.7/scripts/easy_install HTSeq

它会自动找到该软件包，并会为您下载并安装它以及所有依赖项。

于 2012-05-01T11:42:02.193 回答