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我想在与我所得到的相反（从负侧）的字符串上到达某个点。

啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊啊！

所以你需要转换坐标。在底链上，碱基 0（最右边的 C）与顶链上的碱基 39 相对。以 1 为底数与 38 为底数。以 2 为底数以 37 为底数。（重要一点：注意每次将这两个数字相加时会发生什么。）因此，以 10 为底数以 29 为底数，以 19 为底数以 20 为底数。

所以：如果我想在底部链上找到基数 10-20，我可以查看顶部的基数 20-29（然后反向补码）。

我写了以下内容：

fp = open(infile, 'r')
for line in fp:
   tokens = line.split()
   exonstarts = tokens[8][:-1].split(',')
   exonends = tokens[9][:-1].split(',')
   zipped = list(zip(exonstarts, exonends))
   chrom_len = len(chr_string)
   s = ''.join(bc[base.upper()] for base in chr_string[-starts-1:-ends-1] for starts, ends in zipped)+'\n'

然而，每次我这样做时，我都会得到：

错误：未定义全局名称“starts”

我该如何解决？？

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3 回答 3

3

尝试在最后一个术语周围添加括号：

s = ''.join(bc[base.upper()] for base in (chr_string[-starts-1:-ends-1]\
                                         ^
            for starts, ends in zipped)) +'\n'
                                      ^

您在这里定义了两个不同的生成器。这相当于：

strands = (chr_string[-starts-1:-ends-1] for starts, ends in zipped)
complementary_strands = (bc[base.upper()] for base in stage_1)
joined_exons = ''.join(stage_2) + '\n'
于 2012-04-28T02:44:01.980 回答
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看起来您试图在生成器表达式中做太多事情。

这两个fors 是错误的方式。你的意思是：

s = ''.join(bc[base.upper()] for starts,ends in zipped for base in chr_string[-starts-1:-ends-1])+'\n'

然后starts和ends被定义为第二个for。

鉴于您今天提出的问题，我建议您阅读一本好书，例如Dive Into Python 3，以便您自己解决这些问题。

于 2012-04-28T02:40:19.720 回答
1

您正在定义 exonstarts 然后引用未定义的开始。

于 2012-04-28T02:10:13.823 回答