例如
bwa sampe ref.fa r1.sai r2.sai r1.fq r2.fq | samtools view -bSho out.bam -;
“-;”的目的是什么?最后的字符?他们在做什么?为什么它们是必要的?
分号结束命令(我相信结束管道在技术上是正确的说法)。如果你愿意,你可以用另一个命令跟随它,如
bwa sampe ref.fa r1.sai r2.sai r1.fq r2.fq | samtools view -bSho out.bam -; echo Here is another command.
否则,分号是无害的,但可能是不必要的。
关于-
分号之前的连字符、forsamtools
和许多其他命令,这意味着使用标准输入代替输入文件(或者,在某些情况下,使用标准输出代替输出文件)。这是典型的 Linux/Unix 用法。
(感谢@phatfingers 验证samtools
命令的用法。)