您可以尝试在标题中进行相对/绝对定位。
对于 CSS,您可以尝试:
header { 
    margin: 0px 29px 29px 29px; 
    background: #CCC; 
    width:960px; 
    height: 160px;
    vertical-align: bottom; 
    display: table-cell; 
    position: relative; 
}
#search { 
    float:left; 
    width:215px; 
    background-color:red; 
    position: absolute; 
    bottom: 0px; 
    left: 0px; 
}
#social { 
    float:right; 
    width:215px; 
    background-color:yellow; 
    position: absolute; 
    bottom: 0px; 
    right: 0px; 
}
#logo { 
    float:center;  
    text-align:center; 
    position: absolute; 
    bottom: 0px; 
    left: 50%; 
}
通过在标题上设置相对定位,您可以将其每个子元素设置为绝对定位。这将允许您将每个子元素放置在标题的底部。
重要的部分是位置CSS 标签和left、right和bottom标签。见http://jsfiddle.net/9patj/10/