r - pheatmap 聚类注释

Question

我正在尝试将基于 k-means 的聚类算法的结果显示为pheatmap. 为此，我使用此处建议的程序：R draw kmeans clustering with heatmap

现在的问题是，我想添加一个突出显示集群的配色方案，类似于 and 中的“RowSideColors”heatmap选项heatmap.2。至于pheatmap，我只找到了这个annotation选项，但这按列而不是按行工作。有没有办法突出显示中的行簇pheatmap？

我的另一个想法是将集群列添加为热图中的单独颜色。但是，与热图的其余部分相比，我需要使用另一种配色方案，所以我不确定它是否可能。

Answer 1

现在pheatmap包中有一个 annotation_row 参数：

library(pheatmap)

# define a matrix
test = matrix(rnorm(200), 20, 10)
test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3
test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2
test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4
colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "")
rownames(test) = paste("Gene", 1:20, sep = "")

# annotate rows
annotation_row = data.frame(
GeneClass = factor(rep(c("Path1", "Path2", "Path3"), c(10, 4, 6))))
rownames(annotation_row) = paste("Gene", 1:20, sep = "")

# plot pheatmap
pheatmap(test, annotation_row = annotation_row)

Answer 2

好吧，你可以直接使用heatmap或heatmap.2，因为pheatmap没有这个参数。实际上，我有类似的任务。