mysql - 如何将 R 与 MySQL 连接或如何安装 RMySQL 包？

Question

我是 R 的新手，我正在尝试将 R 与 MySQL 连接起来。我已经安装mysql-5.5.22-winx64了R-2.12.064 位。我已经设置MYSQL_HOME environment path(C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5)并尝试执行以下步骤：

从这里安装最新的 RTools
安装mysql或者mysql的头文件和库文件
创建或编辑文件C:\Program Files\R\R-2.12.1\etc\Renviron.site并添加类似MYSQL_HOME=C:/mysql的行（mysql文件的路径）
复制libmysql.libfrom mysql/libtomysql/lib/opt以满足依赖关系。
复制libmysql.dll到C:\Program Files\R\R-2.12.1\bin或到windows/system32 directory。

运行install.packages('RMySQL',type='source')并等待编译将结束。但我仍然收到此错误：-

*> install.packages('RMySQL',type='source')
 --- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
 trying URL 'http://ftp.iitm.ac.in/cran/src/contrib/RMySQL_0.9-3.tar.gz'
 Content type 'application/x-gzip' length 165363 bytes (161 Kb)
 opened URL
 downloaded 161 Kb

* installing *source* package 'RMySQL' ...
ERROR: configuration failed for package 'RMySQL'
* removing 'C:/PROGRA~1/R/R-212~1.0/library/RMySQL'
* restoring previous 'C:/PROGRA~1/R/R-212~1.0/library/RMySQL'

 The downloaded packages are in
  ‘C:\Users\sharad\AppData\Local\Temp\RtmpdQHwCb\downloaded_packages’
 Warning message:
      In install.packages("RMySQL", type = "source") :
installation of package 'RMySQL' had non-zero exit status*

请建议我如何解决这个问题？

最后我得到了解决方案：-您可以在我的博客上详细查看解决方案。

我最近两天一直在用 RMySQL 包安装 R，终于找到了解决方案，这里是安装 RMySQL 包的步骤：-

从以下链接下载软件：

   * a. R2.13.2:  Download R from http://cran.stat.sfu.ca/index.html

    b. RTools 214:  Download RTools from http://cran.cict.fr

    c. RMySQL 0.8-0.tar.gz: Download RMySQL from 
     http://biostat.mc.vanderbilt.edu/wiki/main/RMySQL/RMySQL_0.8-0.tar.gz

    d. MySQL Server 5.0: download it from http://dev.mysql.com

    e. RSTUDIO (optional): download it from http://rstudio.org*

设置以下环境变量

    * a. MYSQL_HOME : <drive>/path to MySQL installation folder
         e.g. MYSQL_HOME= C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\  

      b. R_HOME: <drive>/path to R installation
         e.g. R_HOME=C:\Program Files\R\R-2.13.2\

       c. PATH: Modify path to accommodate the above variables. *

确保 Windows PATH 变量中包含以下路径： \Rtools\2.14\bin \Rtools\2.14\MinGW\bin \Rtools\2.14\MinGW64\bin

创建文件夹并复制文件

    * a. OPT: Create a folder OPT under
             C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\lib and
         copy MYSQLLIB.LIB  the above path.
       Also copy libmysql.dll to
              <drive>\<path>\R\R-2.14.0\bin\(64 bit) Or
              <Drive>\<path>\R\R-2.14.0\bin\i386\ (32 bit) and
         to C:\Windows\System32.

      b. Renviron.site: create or edit a file 
              <DRIVE>\<path>\R\R-2.14.0\etc\Renviron.site and 
        add a line: 
          MYSQL_HOME =”C:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.5/”
        NB: USE FORWARD SLASH AND DOUBLE QUOTES HERE

      c. libMySQL.dll: Copy this file to
            C:\Program Files\R\R-2.13.2\bin\i386 as well as
            C:\Program Files\R\R-2.13.2\bin*

运行命令

一种。Install.Packages：通过单击桌面上的 R 图标或从开始菜单运行 R GUI。键入 INSTALL.PACKAGES(“RMySQL”,type="Sources")。 这将从存储库下载所需的软件。

湾。命令提示符：复制下载的 zip 文件（在步骤 4.a.中）并将其粘贴到 R 安装文件夹下。转到开始菜单并打开命令提示符。转到 R 安装文件夹并键入 R CMD INSTALL RMySQL_0.8-0.tar.gz

*命令：

library(RMySQL) drv = dbDriver("MySQL") con = dbConnect(drv,host="localhost",dbname="test",user="root",pass="root") 专辑 = dbGetQuery(con,statement= “从 t_master 中选择 *”）专辑*

score 11 · Accepted Answer

11

您现在可以跳过所有复杂的步骤，然后做install.packages("RMySQL")

于 2015-03-12T11:12:07.390 回答

score 4 · Accepted Answer

周末我在 Mac OSX 上的一次黑客马拉松上遇到了这个问题——尽管有一些参考资料（最后提到），我还是花了 4 个小时将所有东西拼凑在一起。我没有找到一个简单的演练，所以我决定在我记忆犹新的时候发布一个。

我不确定与 Windows 的兼容性，但希望这些说明也能让您更轻松。

我试图让 R 和 MySQL 在本地环境中进行通信（可能需要对服务器环境进行更改）。我使用 XAMPP（虽然我没有使用 RMySQL 进行连接），但最后我能够使用 PHP 页面编写 R 文件，执行该文件，并让 R 写入 MySQL 表。据我所知，这只适用于 MacOSX ......

使用的所有软件都是 dmg 形式，因此无需安装二进制文件。

下载 R并运行一些基本命令以确保它正常工作。
在 R 中，您需要安装 RODBC（如果您还没有）。在 R 控制台中输入它。

install.packages("RODBC")

这会安装 RODBC，但由于 OS Mavericks，某些文件不再包括在内，因此您会收到一条错误消息

找不到 ODBC 标头 sql.h 和 sqlext.h

并且您需要在正确的位置获取 sql.h 和 sqlext.h 文件。

要做到这一点最简单的方法，请确保您已安装自制软件（简单说明）。然后在终端中使用此代码进行安装。

完成后，您再次进入 R 控制台

install.packages("RODBC")

在 MySQL 中搜索适当的 ODBC 安装。我正在运行 Mac OSX 10.6，所以我下载了 dmg 并安装了它。这照顾好自己。
现在是棘手的部分。显然，Mac OX 在最近的操作系统发布后取出了 ODBC 管理器，因此您需要下载 ODBC 管理器（http://www.odbcmanager.net/）。它也是一个 dmg 文件，因此只需拖放到您的实用程序文件夹即可。

我在安装 5.3.6 dmg 时遇到了困难（一直失败），所以我安装了 5.2.7。

打开 ODBC 管理器。您需要配置 DSN，因此单击选项卡“系统 DSN”，然后单击“添加”。
您将看到一个弹出窗口，要求您选择驱动程序。我的有基于我的 MySQL ODBC 安装的“MySQL ODBC 5.2 驱动程序”。单击“确定”。如果您没有看到驱动程序，那么您需要确认 MySQL ODBC 已安装。
在下一个弹出窗口中，将数据源名称 (DSN) 设为您想要的任何名称 - 但请记住，这是您从 R 调用时需要使用的名称。在下面的关键字区域中（关键字将用引号括起来，值将是括号内），添加

“数据库”（带有您的数据库名称的值）

“服务器”（对于本地环境，不要使用 localhost - 而是使用本地 IP 地址 127.0.0.1。***这对我来说是关键部分）

“uid”（数据库用户 ID）

“pwd”（数据库密码）

“socket”（不确定这是否是必需的，但是经过多个教程后，它留在了我的配置中并且一切正常，所以也许你需要它。你可以在 my.cnf 中找到你的套接字位置 - 做一个聚光灯搜索。套接字文件位置在 CLIENT 下）

这是我的配置：

DSN（“测试” - 这是顶部）

数据库（“电视”）

套接字（“/Applications/XAMPP/xamppfiles/var/mysql.sock”）

uid（“根”）

密码 ("")

服务器（“127.0.0.1”）
在 R 中，在下面执行 - 我相信每次启动 R 和进行 MySQL 查询之前都需要完成最后 3 个步骤。

库（RODBC）
确保您已从 XAMPP 控制面板打开 MySQL 和 Apache。
然后执行

odbcConnect("test") - 注意我如何在双引号中使用我的 DSN。必要时交换。

这应该让你启动并运行。您可以阅读其他有关在 R 中进行 MySQL 查询的教程。

我从 Stack Overflow 上的很多很棒的帖子（谢谢大家！）、随机的其他网站/电子邮件交换历史以及 Joseph Adler 的“R In A Nutshell”一书中一起破解了这个，但如果我错过了什么或者它是什么，请告诉我不清楚。

祝你好运！

score 1 · Accepted Answer

我还花了几个小时试图在 Windows 10 中完成这项工作，但遇到了错误。我为 RMySQL 找到的修复程序混乱而复杂，但 RODBC 更轻松、更优雅地找到了解决方案。我有 R、RStudio、MySQL Server、MySQL Workbench，并且需要以下额外步骤才能使其工作：

在 RStudio 中安装包install.packages(RODBC)
在此处下载并安装 MySQL ODBC 连接器
配置 MySQL ODBC 连接器。这里有一些说明。只需在 Windows 10 的开始屏幕中搜索“ODBC”，它就会弹出该窗口。正确获取连接参数并使用测试按钮确保其正常工作。连接后，它会在下拉菜单中显示您的数据库列表。在“数据源名称”中为其命名，该名称将进入 R 脚本，例如“mysql_odbc”

现在您可以连接、运行查询和断开连接：

library(RODBC)
cursor <- odbcConnect("mysql_odbc", uid="root", pwd="HaysPuffyWalton5")
out <- sqlQuery(cursor, "SELECT * FROM emp WHERE deptno = 10");
close(cursor);

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这不是一个直接的答案，但您仍然可能会发现它很有帮助：

使用更新的 R 版本（当前为 2.15）
在 Windows 平台上，我宁愿使用 RODBC + Windows MySQL 驱动程序，除非您处于具有异构平台（即 Linux 和 Windows）的环境中，其中代码在团队成员之间大量共享。即使这样，根据运行的平台在同一脚本中选择使用 RMySQL 和 RODBC 也很简单if() {...} else {...}

请注意，我并不是说您正在尝试做的事情没有成功的故事，但恕我直言，您将通过上述方式更快地启动并运行。

score 0 · Accepted Answer

这对我有用：使用 Windows XP SP3 32 位操作系统、R Studio、Rv2.15.3

按照以下说明操作：http: //biostat.mc.vanderbilt.edu/wiki/Main/RMySQL

但是，如果您已经下载了 MySQL 5.6 版，您将不得不libmysql.lib在此路径中复制 present 例如：D:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.6\lib并创建一个新文件夹，如下所示：D:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.6\lib\opt并将上述内容粘贴到libmysql.lib该opt文件夹中。然后Renviron.site文件将具有以下内容：MYSQL_HOME=D:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.6. 请注意正斜杠。

最后按照上面链接中提供的 install.packages 行的说明进行操作。我不得不做一些试验才能最终把它弄好。

score 0 · Accepted Answer

如果 R 中出现此错误

library(RMySQL)
#-----------
Loading required package: DBI

Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'RMySQL', details

  call: i$Location

  error: $ operator is invalid for atomic vectors

Error: package or namespace load failed for 'RMySQL'

然后从外部 R

set MYSQL_HOME=F:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.6

回到里面：

library(RMySQL)

#Loading required package: DBI
#MYSQL_HOME defined as F:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.6

或者只是从 R 内部

Sys.setenv(MYSQL_HOME = "F:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.6")
library(RMySQL)

#Loading required package: DBI
#MYSQL_HOME defined as F:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.6

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请按照此处的指南进行操作：

http://www.ahschulz.de/2013/07/23/installing-rmysql-under-windows/

我跟着它，它就像一个魅力。:)

mysql - 如何将 R 与 MySQL 连接或如何安装 RMySQL 包？

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