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我得到了一个数据集，其中包含来自大脑 MRI 扫描的图像尺寸。有了这些图像，我将移除头骨，这样就只剩下大脑了。有没有什么好的分割技术可以用于这些类型的图像？

脑

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看起来头骨总是在图像的外面，并且总是与大脑分离得很好。

方法 1：第一原则

在图像中心画一条线，当你找到第一个白色像素时停止——这将是头骨的一部分。找到连接到该像素的所有像素。删除它们，你就剩下大脑了。

方法二：使用图像处理工具箱

这就是“连接组件分割”问题。MATLAB 的图像处理工具箱有一个bwconncomp()函数可以枚举黑白图像中的连通分量。请参阅本教程，了解如何计算照片中的米粒 - 非常相似的问题。

于 2012-04-23T11:47:45.010 回答
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SPM8（Statistical Parametric Mapping）是一款免费的神经影像学软件，但需要 MATLAB。它可以使用 MATLAB 进行编程，它具有“分段”功能，您可以使用该功能将灰质、白质和脑脊液与其他部分分开。使用 SPM8，您还可以重新对齐您的图像并将它们标准化以匹配某些模板图像等，如果您愿意的话，还有很多其他的事情，这取决于您是否有解剖学或功能性 MR 图像，或两者兼而有之。

FSL（FMRIB 软件库）是一个免费的替代品（不需要 MATLAB，可以使用 Python 编程），它还具有分段功能和许多其他功能。

于 2012-04-23T13:29:19.320 回答
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我建议您使用 SPM 进行头骨剥离 https://www.nitrc.org/projects/mrtool/

将分割应用于您的结构体积将生成许多掩码（名为 c#filename.nii 的文件），指示不同的感兴趣组织。

进行颅骨剥离，保留 3 类灰质、白质和 CSF（掩码 c1.nii 至 c3.nii）并移除其余部分。分割后，只需使用 SPM 'imcalc' 选项并将原始结构体积乘以这些掩码的总和。

蚂蚁：
https ://github.com/ANTsX/ANTs/blob/master/Scripts/antsBrainExtraction.sh

首先，您需要 antsBrainExtraction.sh 脚本来运行大脑提取。您可以在安装步骤克隆的文件中找到它。如果您使用二进制文件，它可能不会存在。因此，您需要创建一个名为 antsBrainExtraction.sh 的空文件。现在到这里，将所有代码复制到您的文件中并保存。在任何情况下，您都应该得到用于大脑提取的 shell 脚本。

其次，您需要有一个模板来执行大脑提取。Gorgolewski 博士推荐了 OASIS。继续从这里下载。其他模板也可以使用，但由您决定哪个模板最适合您的数据。

现在我们已经准备好进行大脑提取本身了。实际上，这很简单。您只需要从 bash 终端运行以下命令：

antsBrainExtraction.sh -d -a \ -e -m -o

3DSlicer，最新版本： https ://www.slicer.org/wiki/Modules:SkullStripperModule

顺便说一下，蚂蚁和切片器使用类似的方法。如果您还有其他问题，请告诉我

于 2018-10-24T10:28:04.033 回答