我有一个蛋白质对列表，我想将“BLAST Two Sequences”的速度和准确性与 Smith-Waterman 程序进行比对。我知道 NCBI 网站上有一个“Blast Two Sequences”选项，但我想从 python 脚本运行它。也许 Biopython 有这个能力？如果我不能使用 Blast Two Sequences，我将比较 Smith-Waterman 的不同版本，但这不会那么令人兴奋 :) 或者，如果有人对涉及比较蛋白质对的生物信息学大四项目有其他想法，请不要犹豫，让我知道！提前谢谢你。
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Biopython Tutorial and Cookbook 的第 7 章（BLAST）应该有你要找的东西。
该NCBBI模块允许与在线 BLAST 工具交互，Bio.Blast.Applications具有许多不同的局部比对实用程序，并且该Bio.Seq模块包含与不同序列交互的对象。
Biopython 的文档非常好，API通常写得很好。如果您正在寻找一个有趣的项目，我建议您阅读教程和食谱——它很好地概述了 Biopython 所提供的内容。
于 2012-04-15T23:14:00.007 回答