bash - gnu并行中的两对双引号冲突

Question

由于双引号与 OFS="\t" 的双引号并行冲突，命令失败。有什么建议可以使它起作用吗？谢谢！

ls *bed | parallel -j 10 "intersectBed -a good-genes.gff -b {} -c | awk 'BEGIN{OFS="\t";} {print $1,$9,$4,$5,$7,$10}' > test.txt"

Answer 1

由于您有“外部”双引号，因此您也会遇到 awk$变量的问题。我会把它分成几块：

awk_body='BEGIN{OFS="\t";} {print $1,$9,$4,$5,$7,$10}'
ls *bed | parallel -j 10 "intersectBed -a good-genes.gff -b {} -c | awk '$awk_body' > test.txt"

Answer 2

GNU Parallel 只需引用部分脚本即可：

ls *bed | parallel -j 10 intersectBed -a good-genes.gff -b {} -c \| awk \''BEGIN{OFS="\t\";} {print $1,$9,$4,$5,$7,$10}'\' > test.txt

（引用最后一个 > 将导致竞争条件，因为所有正在运行的作业都将尝试写入 test.txt。要么给它一个唯一的名称（{}.out 或 job{#}.out），要么将 > 留在外面（在在这种情况下，所有作业的所有输出都将在这里结束））。

Answer 3

您可以"使用以下引号在引号内转义\：

ls *bed | parallel -j 10 "intersectBed -a good-genes.gff -b {} -c | awk 'BEGIN{OFS=\"\t\";} {print $1,$9,$4,$5,$7,$10}' > test.txt"