问题标签 [pysb]

I tried run_ssa from Python PySB library using "Hello world" ODE simulation model (replacing the concentrations with corresponding molecular number and converting deterministic rates to stochastic equivalents).

This is trajectories obtained using odesolve method:

which look reasonable.

And this is what run_ssa returns:

Looks like instead of taking the initial conditions as a start point, it uses one of them as a limiting factor? And the first array looks like just time to me... According to description it is supposed to return trajectories just as ODE simulation...

By the look of it odesolve calles python library to solve ODE but run_ssa calls BioNetGen modelling language.

I've tried to implement both deterministic and stochastic models for Michaelis-Menten kinetics directly using BioNetGen and they looked fine.

So, the question is: has anyone ever got it working? Any working examples of using it?

The purpose of this is testing the library and I just need to know if it is possible to make it work and if anyone ever managed to do so.

我正在尝试将PySB与 Anaconda3 和 Windows7 一起使用。我已将相关依赖项（numpy、scipy、sympi、perl）添加到工作环境中。但是我在 BioNetGen 程序上苦苦挣扎。我已经下载了它，并添加了 BNG 的路径，但我无法将它添加到我的环境中。

这是我尝试过的：

然后什么也没有发生。

然后错误信息：

最后，我尝试了：

但是我可以手动打开 BioNetGen 程序并获取 gui，因此我认为它已正确安装。我只是不知道如何将它添加到 anaconda。BioNetGen 是在 perl 上运行的问题吗？

有一个 Virtual Box 可用于可视化 pysb 模型，但我更愿意手动安装依赖项。

谢谢你的帮助！

我正在研究能够读取 YAML 文件并在 PySB 中生成基于规则的模型的 python 代码。

YAML 文件中的新规则指定如下：

有了这个，我在 python 中创建了一个 pyyaml 对象（pyyaml 是一个在 python 中使用 yaml 的包），并且反应属性存储为一个字符串。

然后，pysb中的规则需要指定为：

我的问题在于 yaml 中的“反应”字段作为字符串存储在 python 对象中，但 pysb 不接受纯文本以外的任何其他格式。

我已经检查了 PySB 并且反应字段在任何情况下都不能是字符串，并且我没有找到如何在 YAML 中对变量的格式进行转义。

任何想法来解决这个问题？

我正在使用PySB图书馆进行毕业设计。最初的目标是使用模型类提供的接口SBML在 GPU 上模拟一个。我写了一个简单的 Python 脚本pysb/cupSODACupSodaSimulatorpysb.simulator.cupsoda

但我收到以下错误

有没有人知道如何解决这个问题？