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我一直在使用 Limma 包中的 makeContrasts 函数来创建对比，并且我了解如何进行简单的对比，例如将每个处理与对照进行独立比较或比较两种处理：

makeContrasts(A_vs_Ctrl = "A - Control", B_vs_Ctrl = "B - Control",
              C_vs_Ctrl = "C - Control", A_vs_B = "A - B",
              levels = c("Control", "A", "B", "C"))

          Contrasts
Levels      A_vs_Ctrl  B_vs_Ctrl  C_vs_Ctrl  A_vs_B
  Control        -1        -1        -1        0
  A               1         0         0        1
  B               0         1         0       -1
  C               0         0         1        0

我的问题是，当每种治疗被认为是相对于对照时，如何对两种治疗之间的对比进行编码？例如，我想确定A_vs_Ctrl和之间何时存在差异B_vs_Ctrl；这个想法是，这将表明治疗A和治疗何时以不同的方式而不是相同的方式与条件不同B。Control我的尝试如下，但我认为它不正确，并且我无法理解如何正确地对这个假设进行对比编码。

makeContrasts(AvsCtrl_VS_BvsCtrl = "(A - Control)/2 - (B - Control)/2",levels=c( "Control","A","B","C"))

 Contrasts
Levels    AvsCtrl_VS_BvsCtrl
  Control                0.0
  A                      0.5
  B                     -0.5
  C                      0.0
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1 回答 1

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您是在问 A 的效果是否与 B 的效果不同，即 AC = BC。但这与询问 A = B 相同。我认为您的 A_vs_B 对比已经回答了您的问题。

于 2019-01-05T01:59:38.090 回答