我正在解析如下所示的多行文本记录:
> UniRef50_A0A091LJV8 Lysozyme g (Fragment) n=2 Tax=Chlamydotis
macqueenii RepID=A0A091LJV8_9GRUI
Length=186
Score = 114 bits (285), Expect = 3e-30, Method: Compositional matrix adjust.
Identities = 54/83 (65%), Positives = 65/83 (78%), Gaps = 0/83 (0%)
Query 1 ASCKTAKPEGLSYCGVSASKKIAERDLQAMDRYKTIIKKVGEKLCVEPAVIAGIISRESH 60
AS TA+PEGLSY GVSAS+KIAE+DL+ M +++ I +V V+PA+IAGIISRESH
Sbjct 17 ASEATARPEGLSYAGVSASEKIAEKDLKNMQKHQDKITRVANSKGVDPALIAGIISRESH 76
Query 61 AGKVLKNGWGDRGNGFGLMQVDK 83
G VL+NGWGD N FGLMQVDK
Sbjct 77 GGTVLENGWGDHNNAFGLMQVDK 99
我使用一些正则表达式从这些记录中提取数据。它们在使用 clang (MacOS X) 和 gcc 4.9.2 (Ubuntu) 编译时都可以工作。然而,其中一个regex_error
在使用 gcc 编译时会抛出一个。这是最小(非)工作示例:
#include <regex>
const std::string regex_string_OK_1 = "\\[(.+?)\\]";
const std::string regex_string_OK_2 = "Tax\\s*?=\\s*?([\\n\\w ]*?)\\s*?RepID";
const std::string regex_string_PROBLEM = "Query\\s+?(\\d+?)\\s+?([_\\-[:alnum:]]+?)\\s+?(\\d+?)\\n.+?\\nSbjct\\s+?(\\d+?)\\s+?([_\\-[:alnum:]]+?)\\s+?(\\d+?)\\n";
int main(int argc, const char *argv[]) {
std::regex regex_OK_1(regex_string_OK_1);
std::regex regex_OK_2(regex_string_OK_2);
std::regex regex_PROBLEM(regex_string_PROBLEM); // This line throws regex_error on Ubuntu
return 0;
}
我用https://myregextester.com测试了所有的正则表达式字符串,它们工作得很好。此外,在 MacOS 上使用 clang 编译的代码可以毫无问题地解析大量真实案例数据。但现在我必须在 Linux/gcc 系统上运行代码。